الكنيسة القبطية الأرثوذكسية تمر بفترة كهنوتية أحكمت قبضتها على الشعب مستخدمة كل وسائل الترهيب» بهذه الجملة الموجزة لخص الدكتور جورج حبيب بباوى «المدرس بالكلية الإكليريكية» سبب خلافه مع البابا شنودة الثالث». انقلاب البابا شنودة على الدكتور جورج حبيب بباوى هو استمرار لعملية الصراع الدائر بين فكر البابا وكتابات الأب متى المسكين ولكن العلاقة بين البابا شنودة وجورج حبيب تختلف عن جميع العلاقات السابقة فالأخير كان أحد المقربين من البابا شنودة وهو باحث معروف فى الأوساط الكنسية وكان مدرسا بالكلية الإكليريكية كما كان مفوضاً من قبل البابا له بتمثيل الكنيسة فى المؤتمرات اللاهوتية ولجان الحوار مع الكنائس الأخرى وتعيينه مسؤول عن دائرة التربية المسيحية والدراسات اللاهوتية بمجلس كنائس الشرق الأوسط بدأت الخلافات بين البابا وبباوى «المصنف بأنه أحد تلاميذ مدرسة الأب متى المسكين» عقب القرار الجمهورى الخاص «عزل البابا وتحديد إقامته فى دير الأنبا بيشوى» وذلك عندما سئل مراسل جريدة التايمز الأمريكية بباوى عن الموقف، فقال له إن البابا شنودة تصرف بحماقة سياسية. عرف البابا ذلك وعندما عاد من الدير قام بطرده من الكنيسة مما دفع بباوى إلى ترك مصر كلها وذهب إلى لندن حيث قام بالتدريس فى جامعتى توتنهام وكامبريدج قبل أن يستقر فى أمريكا ويتقلد منصب عميد معهد الدراسات الأرثوذكسية. عاد بباوى مرة أخرى للظهور بقوة عقب إصدار البابا شنودة كتيبات للرد على رهبان وادى النطرون وكتابهم الأصول الآبائية الارثوذكسية لكتابات الأب متى المسكين» وذلك عندما اتهم بباوى البابا بالتحريض على قتل رهبان أبو مقار.