انتقدت الخارجية الباكستانية تصريحات مدير المخابرات الأمريكية جون نيغروبونتي حول أن باكستان تمثل مخبأ آمن لقيادات تنظيم القاعدة مؤكدة أن من الأفضل الحديث عن التعاون والتنسيق بدلا من توجيه الاتهامات. نفت الخارجية أن يكون هناك صلة بين نشاطات القاعدة بأوروبا وأفريقيا وباكستان وشددت على أن باكستان "كسرت ظهر القاعدة" بعدد الذين تم القبض عليهم من قبل أجهزتها الأمنية . كما نفى المتحدث باسم الجيش الباكستاني الجنرال شوكت سلطان تسلم إسلام آباد معلومات أميركية عن وجود زعماء لتنظيم القاعدة في البلاد وذلك عقب إشارة مدير المخابرات الأميركية بشكل مباشر إلى باكستان بأنها مخبأ آمن لكبار قادة القاعدة في شهادة أمام لجنة المخابرات بمجلس الشيوخ. وقال المتحدث العسكري الباكستاني ليس لدينا مثل هذه المعلومات ولم تنقل لنا أي هيئة أميركية أي شيء من هذا القبيل. وكان نيغروبونتي الذي سيصبح قريبا مساعدا لوزيرة الخارجية قد قال في تقييمه السنوي للمخاطر في أنحاء العالم ضد الولاياتالمتحدة ومصالحها إن "القاعدة تنظيم إرهابي يفرض أكبر مخاطر على المصالح الأميركية". وأشار إلى أن باكستان رغم أنها شريك أساسي في الحرب الأميركية على ما يسمى الإرهاب وأسرت العديد من زعماء القاعدة، فإنها أيضا -وفق نيغروبونتي- مصدر رئيسي "للتطرف الإسلامي" بحسب زعمه . غير ان نيغروبونتي مكان اختباء قادة القاعدة على الأراضي الباكستانية. لكنه أوضح أنهم "يقيمون اتصالات عمليات قوية وعلاقات تمتد إلى الخارج من المخبأ الآمن لزعمائهم في باكستان إلى عملاء بأنحاء الشرق الأوسط وشمال أفريقيا وأوروبا" لإعادة بناء قوتهم.