يبدو أن "هشام جنينة" الذي يشغل منصب رئيس الجهاز المركزي للمحاسبات أصبح بينه وبين الانقلاب العسكري طريق مسدود أو مليئٌ بالأشواك طبقًا لمقولة قائد الانقلاب. ففي موقف يظهر مدى تصدع العلاقة بين الانقلاب العسكري ورئيس أكبر جهاز رقابي، قال ،معترضًا على محاولات الضغوط والابتزازات القذرة التي طالما يمارسها الانقلاب ضد من يعارضة،: "حاكموني أو حاكموا رموز الفساد". وكان قد صرح "جنينة" في وقت سابق، إن قائد الانقلاب "عبد الفتاح السيسي" لايستطيع إقالته من منصبه لأن ذلك يخالف نص الدستور" ، حيث ينص دستور الانقلاب على عدم إقالة رؤساء الأجهزة الرقابية. من جهته، أبدى "جنينه" استعداده التام لتقديم استقالته من منصبه إلى قائد الانقلاب، في حالة استشعاره عدم التعاون معه أو إعاقة عمله، على حد قوله. وقال: إنه "لن يتقدم باستقالته استجابة لرغبة مذيع يتحدث بلسان رجل أعمال مشبوه، وفق وصفه." وتعليقًا على قانون إعفاء رؤساء الأجهزة الرقابية، الذي صدق علية قائد الانقلاب، قال "لا أحتاج لتغيير قانون بغض النظر عن دستوريته من عدمه." كما أعرب "جنينة" عن حزنه العميق من الحملة الإعلامية التي يتعرض لها، وتستهدف اغتياله معنويا، على حد قوله. وأكد أن "رجل أعمال" معروف ومشهور يمتلك مجموعة قنوات فضائية وراء هذه الحملة الضارية، مشيرا إلى أن لدى الجهاز ملفا أحيل بسببه إلى جهاز الكسب غير المشروع، وأنه سبق وجرى التحقيق معه أمام الجهاز بسبب ارتكابه مخالفات تم رصدها في ملفه. وكشف رئيس الجهاز المركزي للمحاسبات تقدمه بتسعين بلاغا للنائب العام ضد جهات رسمية بعضها جهات رسمية وبعضها سيادي، كشف فيها انحرافاتهم مما أدى إلى تحالفهم ضده، وإشعال النار تحت أقدامه، على حد وصفه. وأعلن تحديه لكل الفاسدين، وأصحاب ملفات الفساد الذين كشفهم الجهاز. وقال: "حاكموني أو حاكموهم". وطالب بتشكيل لجنة محايدة من أشخاص مشهود لهم بالنزاهة والشرف للتحقيق في كل قضايا الفساد التي كشفها. وتابع: "أطالب بمحاكمتي لو ثبت عدم صحة اتهام واحد فيها". وعن اتهامات "الأخونة" التي تلاحقه، قال: "إن هذه المحاولات رخيصة لابتزازي بمحضر تحريات من أمن الدولة الذي كشفت أنا عن انحرافات عديدة فيه، وللأسف لم يحقق في هذا الاتهام لمدة عامين كاملين، حتى يظل سيفا مصلطا على رقبتي". وتساءل جنينة: "ولو أراد قائد الانقلاب التحقق من هذه الاتهامات فما أسهل أن يطلبني تليفونيا، ونجلس سويا.. فهل أنا بعيد عن قائد الانقلاب؟ وقال: "كل يوم أنا ورجالي في الجهاز نتعرض لتهديدات من فاسدين كبار.. وللأسف من أجهزة سيادية، تقف في طريق عملنا، وتمنع اقترابنا من فسادهم، وعلى رأس هؤلاء مسؤولون في وزارات سيادية". وكان قائد الانقلاب قد أصدر قرارا بقانون نشرته الجريدة الرسمية المصرية، ينص على أنه "يجوز للرئيس إعفاء رؤساء وأعضاء الهيئات المستقلة والأجهزة الرقابية، إذا توفرت بشأنه دلائل جدية على ما يمس أمن الدولة وسلامتها، وإذا فقد الثقة والاعتبار، وإذا أخل بواجبات وظيفته، بما من شأنه الإضرار بالمصالح العليا للبلاد، أو أحد الأشخاص الاعتبارية العامة". ورد "جنينة" على هذا القانون الذي سماه البعض "قانون عزل جنينة"، بأنه غير قابل للعزل، وأن القانون لا يشمله، وأن السيسي لا يحق له إعفاءه من منصبه. والمستشار هشام جنينة أحد رموز تيار استقلال القضاء، وكان رئيس محكمة استئناف القاهرة، وأصدر الرئيس "الشرعي" محمد مرسي قرارا، يوم 6 سبتمبر 2012، بتعيينه لمدة أربع سنوات وبدرجة وزير، رئيسا للجهاز المركزي للمحاسبات، الخاضع مباشرة لرئاسة الجمهورية. وكان ذلك المنصب شاغرا منذ استقالة رئيسه السابق جودت الملط في، مارس 2011، لتتولى منيرة أحمد منصب القائم بأعماله حتى صدور القرار الجمهوري من قبل الرئيس مرسي.