بالرغم من كونها ثاني أكبر بحيرة صناعية فى العالم غير أنها غير مستغله على الإطلاق فمنذ أن صدر القرار الجمهوري رقم326 لسنة1974 بإنشاء جهاز تنقية بحيرة ناصر لإدارة موارده مائية سمكية زراعية تعدينية سياحية فلم يحقق الجهاز أهدافه في التنسيق بين الوزارات المعنية لإقامة بنية خدمات للبحيرة مازالت هي كما انشئت ولم يتم تجديدها أو إضافة معدات جديدة أو وضع خطط استراتيجية تحقق مكاسب للدولة وللمحافظة ولكن تبددت كنوز البحيرة بين رخاوة يد الدولة في الاهتمام بتنمية بوابة مصر الجنوبية ونشر الكوادر العلمية فيها ومنهم عدد كبير من الحاصلين علي الماجستير والدكتوراه. ففي عام1978 بالقرار الجمهوري420 انتقل لوزارة التعمير ثم في عام1996 بالقرار الجمهوري162 لوزارة الزراعة واستصلاح الأراضي ثم بحكم محكمة نقل تبعية لهيئة الثروة السمكية ثم المحاجر المحيطة بالبحيرة لمحافظة أسوان لذا فأن تعدد القرارات وتضاربها ادى الى اهدار كنز عظيم مثل هذا الكنز. والبحيرة في أشد الاحتياج للرعاية والاهتمام ونظرا لتدخل وزارة الاستثمار في البحيرة والتي قسمتها ل6 مناطق سمكية أجرت في مزاد فأصبح هدف المؤجر تحصيل المال وبالتالي جار الصيد علي المخزون بالشكل الحالي. واحد المشاكل الرئيسية التى تواجهها البحيرة انه قد صدرت تقارير تتحدث عن زيادة عدد التماسيح في النيل ليصل إلى 37الف تمساح وهناك تقارير اخرى تفيد وجود ما يزيد عن 80 الف تمساح. كانت مصر قد وقعت اتفاقية تمنع صيد التماسيح وهي اتفاقية "إستكهولم" الدولية التي تحظر صيد التماسيح في بحيرة ناصر لتحقيق التوازن البيئي ولكت مصر تمكنت من تعديل الاتفاقية التي تمنع اصطياد التماسيح بعد التأكيدات ان تماسيح النيل في مصر ليست معرضة للانقراض. ويبلغ طول التمساح متوسط الحجم نحو ست أمتار ويصل وزنه نحو 950 كجم والأنثى تبيض من40 إلى60 بيضة سنوياً وياكل فى المتوسط يومياً 20 كجم سمك وبين المتوسط والصغير حيث يأكل التمساح الواحد أكثر من 10 كجم فى اليوم أى ما يعادل 146 ألف طن هو غذاء التماسيح يومياً من أسماك بحيرة ناصر.