أدان اتحاد المثقفين العرب طريقة قتل الرئيس الليبي معمر القذافي علي يد الثوار الليبيين ووصفها بالجريمة البشعة وقال الاتحاد في بيان له :لقد وقف المثقفون العرب الأحرار مع الشعب الليبي في زمن الخوف وفي زمن ندرة وصمت الرجال وقبل اندلاع الثورات العربية وخلالها, وأملوا خيرا بثورة الشعب الليبي، لكنهم صدموا ليكتشفوا أن من يسمى ثوارا هم أكثر دموية وسادية وبشاعة.أكد الاتحاد علي أن الحرف أقوى من الرصاص والفكر أقوى من البارود، وأن التنابل لا يستوعبون هذه العبارة وان الكتاب والمثقفين العرب الأحرار والمستنيرين هم من يقودوا معركة الوعي والتنوير والنهوض والقضاء على بؤر الجهل وجيوب التخلف في أمتنا وعقولها.لذلك دعا اتحاد المثقفين العرب المجلس الانتقالي الليبي إلى الابتعاد عن اللف والدوران بشأن رواية إعدام القذافي وإدانة جريمة إعدامه وابنه وأتباعه من الأسرى والسجناء بطريقة بشعة غير أخلاقية وغير قانونية وغير إنسانية ومحاكمة المجرمين والمعاقين وأصحاب اللحى المستعارة من الثوار، الذين يبررون قتل الأسرى والسجناء، وإعدامهم وحجر المتطرفين المرضى منهم في اسطبلات وحظائر خاصة.واكد الاتحاد أن القذافي كان طاغية يستحق محاكمة قانونية عادلة وأن قتله عمل بربري وحشي قام به مجموعة من المجرمين الوحوش أساءوا للشعب الليبي وقدموا نموذجا بشعا عن الإسلام والعرب والإنسان ويجب القضاء عليهم في أقرب الآجال.ويري الاتحاد أن المثقفين العرب الأحرار قادرون بالفكر والقلم والوعي على تحويل حياة التنابل إلى جحيم وتحريض آلاف العقول والأقلام وإشهارها في وجوه حكام ليبيا الجدد،مؤكداعلي ان الاتحاد أن ليبيا ولا المنتصرين الجدد لن ينعموا بالاستقرار ما لم يتم الاستماع إلى إرادة العقل العربي.