قال الدكتور رفيق حبيب نائب رئيس حزب الحرية والعدالة المنبثق عن جماعة الإخوان المسلمين إن الحزب لن يشارك في المجلس الاستشاري لأنه انيطت به وظائف لم تكن من اختصاصه مثل دوره في كتابة الدستور وان يكون له دور مواز لدور البرلمان. وأعلن حزب الحرية والعدالة انسحاب ممثليه "الدكتور محمد موسي. رئيس الحزب. والدكتور أسامة ياسين. الأمين العام المساعد للحزب" من المجلس الاستشاري احتجاجاً علي تصريحات اللواء مختار الملا عضو المجلس العسكري. التي قال فيها إن البرلمان المقبل لن يكون ممثلاً لجميع فئات الشعب المصري. لذا فهؤلاء الذين سيتم تعيينهم لكتابة الدستور الجديد لابد أن توافق عليهم الحكومة المؤقتة. وأضاف حبيب- ان المشاركة في المجلس تعني الموافقة والرضاء عن الأدوار المنوطة بهذا المجلس ولهذا قرر الحزب الانسحاب من المجلس الاستشاري. مؤكداً في الوقت نفسه أن هذا الموقف يخص الحزب كحزب. بينما جماعة الإخوان المسلمين هي المنوطة بالكشف عن موقعها من المجلس الاستشاري. وأكد أن هناك فرقاً بين جماعة الإخوان المسلمين كمؤسسة دعوية من ناحية. وحزب الحرية والعدالة كحزب سياسي من ناحية أخري. مؤكداً أن الحزب مؤسسة سياسية مستقلة ومنفصلة عن الجماعة. كما أن قرارات الحزب مستقلة وتصدر عن مؤسسات الحزب المختلفة دون أي تدخل . وان كان هناك تشاور حول القضايا العامة مع الجماعة. علي حد قوله.