قال الدكتور رفيق حبيب نائب رئيس حزب الحرية والعدالة المنبثق عن جماعة الإخوان المسلمين إن الحزب لن يشارك في المجلس الاستشاري لأنه أنيطت به وظائف لم تكن من اختصاصه مثل دوره في كتابة الدستور وأن يكون له دور موازٍ لدور البرلمان. وأعلن حزب الحرية والعدالة انسحاب ممثليه (الدكتور محمد مرسى، رئيس الحزب، والدكتور أسامة ياسين، الأمين العام المساعد للحزب) من المجلس الاستشاري احتجاجا على تصريحات اللواء مختار الملا عضو المجلس العسكري، التي قال فيها إن البرلمان المقبل لن يكون ممثلا لجميع فئات الشعب المصري، لذا فهؤلاء الذين سيتم تعيينهم لكتابة الدستور الجديد لابد أن توافق عليهم الحكومة المؤقتة. وأضاف حبيب - فى تصريحات اليوم الجمعة - أن المشاركة في المجلس تعنى الموافقة والرضاء عن الأدوار المنوطة بهذا المجلس، ولهذا قرر الحزب الانسحاب من المجلس الاستشاري، مؤكدا فى الوقت نفسه أن هذا الموقف يخص الحزب كحزب، بينما جماعة الإخوان المسلمين هى المنوطة بالكشف عن موقفها من المجلس الاستشاري. وأكد أن هناك فرقا بين جماعة الإخوان المسلمين كمؤسسة دعوية من ناحية، وحزب الحرية والعدالة كحزب سياسي من ناحية أخرى، مؤكدا أن الحزب مؤسسة سياسية مستقلة ومنفصلة عن الجماعة، كما أن قرارات الحزب مستقلة وتصدر عن مؤسسات الحزب المختلفة دون أي تدخل، وإن كان هناك تشاور حول القضايا العامة مع الجماعة، على حد قوله. وأعرب حبيب عن أمله فى أن تعود روح التعايش إلى المجتمع من جديد، مشددا على أن الحركة الإسلامية هي التيار الأساسي في المجتمع المصري وأن الإخوان هم الجزء المنظم والقوى داخل التيار الأساسي.