علّق الدكتور رفيق حبيب -نائب رئيس حزب الحرية والعدالة- حول كونه قبطيًا ووضعه كنائب لحزب يعد الذراع السياسة لحركة إسلامية، قائلاً: "إن هناك فرقًا بين الجماعة والحزب ورغم أن قراري في المشاركة يبدو غريبًا إلا أن تجربتي تقول إن الإخوان كانوا مشاركين في بناء الوطن، وجماعة الإخوان المسلمين جماعة إسلامية دعوية وجزء من التيار الأساسي المصري، وحزب الحرية والعدالة يقدم نفسه على أنه مشروع سياسي تتوافق عليه شرائح كبيرة من المجتمع، مؤكدًا أن هناك فرقا بين جماعة الإخوان المسلمين كمؤسسة دعوية من ناحية، وحزب الحرية والعدالة كحزب سياسى من ناحية أخرى، مشيرا إلى أن الحزب مؤسسة سياسية مستقلة ومنفصلة عن الجماعة، كما أن قرارات الحزب مستقلة وتصدر عن مؤسسات الحزب المختلفة دون أي تدخل، وإن كان هناك تشاورًا حول القضايا العامة مع الجماعة -على حد قوله. وأضاف "إن الحزب لن يشارك في المجلس الاستشاري لأنه أنيطت به وظائف لم تكن من اختصاصه مثل دوره في كتابة الدستور وأن يكون له دور مواز لدور البرلمان". وأعلن حزب الحرية والعدالة انسحاب ممثليه (الدكتور محمد مرسى، رئيس الحزب، والدكتور أسامة ياسين، الأمين العام المساعد للحزب) من المجلس الاستشارى احتجاجًا على تصريحات اللواء مختار الملا عضو المجلس العسكري، التي قال فيها إن البرلمان المقبل لن يكون ممثلا لجميع فئات الشعب المصري، لذا فهؤلاء الذين سيتم تعيينهم لكتابة الدستور الجديد لابد أن توافق عليهم الحكومة المؤقتة. وأضاف حبيب -فى تصريحات اليوم- أن المشاركة في المجلس تعنى الموافقة والرضا عن الأدوار المنوطة بهذا المجلس، ولهذا قرر الحزب الانسحاب من المجلس الاستشاري، مؤكدا فى الوقت نفسه أن هذا الموقف يخص الحزب كحزب، بينما جماعة الإخوان المسلمين هى المنوطة بالكشف عن موقفها من المجلس الاستشارى. وأعرب حبيب عن أمله فى أن تعود روح التعايش إلى المجتمع من جديد، مشددا على أن الحركة الإسلامية هي التيار الأساسي في المجتمع المصري وأن الإخوان هم الجزء المنظم والقوى داخل التيار الأساسي. وحول المخاوف من التقدم الذي حققه حزب الحرية والعدالة فى المرحلة الأولى من انتخابات مجلس الشعب، أوضح أن هذا الفوز كان بفضل الناس (أى الناخبين)، ولا يوجد تخوف من الناس ولكن جميع التيارات السياسية لديها تخوفات من بعضهم البعض، فهناك تخوف بين الليبراليين والإسلاميين، وتخوف بين الإخوان والسلفيين، وهذا يرجع إلى عدم الاحتكاك والتعارف بين التيارات المختلفة.