يبلغ عدد الكتب النادرة التي تحويها مكتبة الإسكندرية أكثر من 16 ألف كتاب تمتد تواريخ نشرها من أواخر القرن الخامس عشر. حتي أوائل القرن العشرين. ويتم تحديد ندرة الكتاب بناء علي عدة معايير. أهمها: تاريخ الطباعة. ونوعها "كالطبعات الحجرية أو النافدة أو المحدودة أو ذات التجليد والتصميم الخاص أو المزوقات أو المنمنمات". كما تحوي المكتبة أكثر من 40 كتابا صدرت في القرن السادس عشر» مثل: كتاب "أشهر جزر العالم" الصادر في فينيسيا عام 1576. لمؤلفه تومازو بوركاشي. وهو من أهم الكتب التي تناولت وصفا دقيقا لأشهر جزر العالم. ويتضمن الكتاب صورا توضيحية وخرائط لتلك الجزر. رسمها النحات الشهير بورو جيرولامو "1604-1520". ويصل عدد مطبوعات القرنين السابع عشر والثامن عشر المتاحة بالمكتبة إلي أكثر من 230 كتابا» منها Nouvelle relation en forme d'un journal d'un voyage fait en Egypte en (1672 et 1673) يعد هذا الكتاب الصادر عن مطبعة اتيان ميشاليه في باريس عام 1677 لمؤلفه فانسلب Vansleb "1679-1635" من أهم الكتب التي تناولت تاريخ مصر في تلك الفترة. كان فانسلب قد تم تكليفه برحلة إلي مصر والحصول علي عدد من المخطوطات. وبالفعل أحضر للمكتبة الوطنية بفرنسا 600 مخطوطة بالعربية والفارسية والتركية والعبرية والقبطية من حلب والقسطنطينية والقاهرة. ويتحدث الكاتب والرحالة الفرنسي عن مدينة الإسكندرية منذ أن قام الإسكندر الأكبر بإنشائها. كما يصف الميناء الشرقي والغربي والعلاقات التجارية في تلك المدينة. وفيما يتعلق بالطباعة الحجرية. فهي تلك التي يتم فيها كتابة أو رسم الشيء المراد طبعه علي سطح أنواع معينة من الحجر. وتكون الكتابة بأقلام دهنية. وبصورة معكوسة علي الحجر مباشرة. ثم يبللپوجه الحجر بالماء ويغطي بالحبر. واعتمادا علي التنافر الطبيعي الموجود فيما بين المواد الدهنية وبين الماء. فإن الحبر لا يلتصق إلا علي الكتابة الدهنية. وتضم المكتبة الأوعية النادرة والمجموعات الخاصة العديد من الطبعات الحجرية النادرة مثل كتاب ¢تخطيط الأراضي¢ الصادر عن مطبعة دار الطباعة العامرة ببولاق عام 1844. وهو مترجم عن اللغة الفرنسية للمؤلف لاكروا. وترجمه إلي العربية إبراهيم أفندي رمضان. بمدرسة المهندسخانه الخديوية. يتناول الكتاب القواعد الهندسية لرسم الخرائط العامة والعسكرية. ويُفرد المؤلف فصلا في بيان استخدام البوصلة في رسم خريطة. وبالكتاب تسع لوحات إيضاحية. وتضم مكتبة الإسكندرية كذلك عددا من النسخ طبق الأصل "الفاكسميلي" وهي نسخ تحاكي الأصل من حيث الخصائص المادية والحبر المستخدم ومادة الورق. ومنها إنجيل جوتنبرج. وهو نسخة طبق الأصل من الطبعة الأولي للكتاب المقدس. وهو أول كتاب يطبعه الألماني يوهان جوتنبرج مخترع الطباعة الحديثة. وعُرفت تلك الطبعة التي صدرت عام 1456 باسم الإنجيل ذي الاثنين والأربعين سطرا. الكتاب من مجلدين. والنص باللغة اللاتينية. ولم يكن يُفصل بين الآيات بأرقام أو علامات كما هو الحال اليوم. وتمتاز الطبعة بزخارف الطبعات الأولي للكتب الأوروبية الصادرة في تلك الفترة. كما توجد بالمكتبة نسخة خطية نادرة "طبق الأصل" من المصحف الشريف الذي كتبه الخطاط الشهير ابن البواب المتوفي ببغداد سنة 413 هجرية "1022 ميلادية" وهو الذي طور الكتابة العربية وأكد أهمية النسب الهندسية للحروف. ولذا عرف خطه بالخط المنسوب. كتب ابن البواب عدة نسخ من القرآن الكريم يقال إنها ألف نسخة. لم يبق منها كاملا إلا هذه المخطوطة المحفوظة اليوم بمكتبة شستر بيتي بأيرلندا. وبالإضافة إلي الكتب النادرة. تضم المكتبة أيضا مجموعات خاصة من الكتب "14مكتبة خاصة" تشمل أكثر من 53 ألف كتاب.
