رفض د.محمد فؤاد شاكر أستاذ الدراسات الإسلامية بجامعة عين شمس ود.حمدي طه عضو نقابة الأشراف وثيقة الأزهر حول مستقبل مصر التي وقع علهيا نخبة من المثقفين علي اختلاف انتماءاتهم الفكرية والدينية. قال د.شاكر هل يعلم الموقعون علي هذه الوثيقة ماذا يقول جابر عصفور عن الإسلام وعن القرآن والسنة؟.. وأكاد أزعم ان أقول إن مجيء هؤلاء تحت قائمة المثقفين الذين يمثلون الوسطية والاستنارة جريمة بكل المفاهيم وإلا لماذا لم يتم اختيار كبار علماء الأزهر؟! وما هي الموضوعات التي أراد الموقعون علي هذه الوثيقة أن يؤكدوا عليها دعما لمسيرة الحقيقة والصدق مع الله ورسوله بغير إفراط ولا تفريط فطرحها للنقاش والحوار لتأخذ حظها من التحاور للوصول إلي هدف يعيد الأزهر به منزلته ومكانته. قال: كان من المفترض ان ننظر إلي ما تتعرض له البلاد من انفلات أمني ومن خطورة ظاهرة التطرف فلماذا أغفل الموقعون علي الوثيقة التعرض لهذا الفكر المغالي وهادنه واستقبل رموزه وفي استقباله لهم اعترف بهم وتأكيد علي إقرار ما يدعون إليه وما يروجونه في مصر.. أشار د.حمدي طه إلي ان أغلب ما جاء في هذه الوثيقة يتفق عليه غالبية الجمهور. فدور العبادة عند المسيحي والمسلم مقدسة ولا يجوز المساس بها من قريب أو بعيد ويجب علي الأزهر في هذا الوقت بالذات أن يقوم بإصلاح الأزهر من الداخل حتي لا يكون عرضة للنقد وان يقوم المسئولون فيه برد الاعتبار لخريجي الأزهر.