رصدت "المفوضية المصرية للحقوق والحريات" -منظمة حقوقية غير حكومية- 340 حالة اختفاء قسري بين شهري أغسطس ونوفمبر الماضيين، أي بمعدل ثلاث حالات يوميًا. وخلص المنظمة في تقريرها المعنون "المختفون قسرًا .. في انتظار إنصاف العدالة" إلى تورط أجهزة أمنية من بينها جهاز "الأمن الوطني" التابع لوزارة الداخلية في اختطاف أشخاص وإخفائهم بمعزل عن العالم الخارجي في أماكن احتجاز سرية أو غير قانونية كمقار الأمن الوطني، منها لاظوغلي بالقاهرة ومعسكر الأمن المركزي والأمن الوطني بطنطا، والسجون الحربية ومنها سجني "العزولي" و"العزولي الجديد" بالإسماعيلية. ووفقًا للشهادات التي جمعتها المفوضية، فقد تعرض المحتجزون خلال فترات اختفائهم لأساليب مختلفة من التعذيب وسوء المعاملة والحاطة بالكرامة الإنسانية من أبرزها الصعق بالكهرباء، والتعليق من اليد والرأس لأسفل، وتعليق الضحية كالذبيحة، والتهديد بالاعتداء الجنسي وذلك بغرض انتزاع اعترافات أو جمع معلومات عن أفراد أو كيانات تقوم بتنظيم التظاهرات أو مشتبه بصلتهم بهجمات إرهابية. وظل الضحايا خلال فترة احتجازهم معصوبي العينين ومقيدين اليدين في ظروف احتجاز قاسية. ولفت التقرير إلى أن بعض الحالات التي تعرضت للاختفاء القسري في أعقاب الأحداث التي تلت 30 يونيو 2013 ما يزال مصيرهم مجهولاً حتى الآن. وقال التقرير إن "الأمن الوطني" لم يفرق بين طفل وبنت وشاب وكهل، ولم يفرق أيضًا بين منتمي لحزب أو مجرد عابر سبيل، حيث تعرضت تلك الفئات المختلفة لجريمة الاختفاء القسري. واعتمدت المفوضية في تقريرها على إجراء مقابلات مع بعض ممن نجوا من جريمة الاختفاء القسري وكانوا محتجزين بمقار احتجاز تابعة للأمن الوطني والقوات المسلحة. كما قامت بإجراء مقابلات شخصية مع ممن تعرض ذويهم للاختفاء القسري وكانوا قد تقدموا بشكاوى وبلاغات للنائب العام تفيد باختفاء ذويهم على أيدي الأمن الوطني أو الجيش، وقامت المفوضية بإجراء مقابلات مع محامييٍ الضحايا. واستعانت باستمارة تبليغ عن حالات الاختفاء القسري من خلال حملة "أوقفوا الاختفاء القسري" وبفضلها تمكنت من رصد 340 حالة اختفاء قسري بين أغسطس و نوفمبر 2015 أي بمعدل ثلاث حالات يوميًا. وطالبت "المفوضية المصرية للحقوق والحريات" بمحاسبة المسؤولين عن ممارسة الاختفاء القسري من قيادات قطاع الأمن الوطني والمخابرات الحربية والمسئولين عن احتجاز أشخاص في تلك الفترات داخل أماكن احتجاز غير قانونية أو سرية والرقابة الدورية من قبل النيابة والقضاء على المقرات التابعة لجهاز الشرطة ومقار الأمن الوطني والسجون ومعسكرات الأمن المركزي والسجون العسكرية وتقديم المسؤولين عن إخفاء مواطنين دون سند قانوني للمحاكمة. كما طالبت أيضًا النظر في الإجراءات التي اتخذها ذوي المفقودين من بلاغات وشكاوى تثبت إخفاء ذويهم من قبل الأجهزة الأمنية والبت فيها على وجه السرعة والرد على أسر المختفين قسريًا بخطاب رسمي، يتضمن نتيجة البحث والتحقيق في اختفاء ذويهم وتشكيل مكتب تابع للنائب العام برئاسة محام عام يختص في التحقيق في حالات الاختفاء القسري بصلاحيات التفتيش على أماكن الاحتجاز الرسمية وغير الرسمية. وطالبت السماح للمجلس القومي لحقوق الإنسان بزيارات مفاجئة لأماكن الاحتجاز والسماح للمنظمات الحقوقية بالقيام بزيارات للسجون وأماكن الاحتجاز للتأكد من تطبيق القانون وتمتع المحتجزين بحقوقهم ،وتجريم الاختفاء القسري في القانون المصري و اعتبارها جريمة لا تسقط بالتقادم. ودعت إلى الانضمام للاتفاقية الدولية لحماية جميع الأشخاص من الاختفاء القسري لسنة 2006 ونظام روما الأساسي للمحكمة الجنائية الدولية لسنة 1998 والبروتوكول الاختياري لاتفاقية مناهضة التعذيب لسنة 2002.