بدأ المجلس القومى لحقوق الإنسان برئاسة ناصر أمين، مدير مكتب الشكاوى، تلقى شكاوى ذوى المتغيبين والمنظمات الحقوقية بشأن المختفين قسريًا وأعد المجلس قائمة ضمت 101 شخص يفيد أهاليهم باختفائهم عقب إلقاء أجهزة الأمن القبض عليهم دون تحديد أماكن احتجازهم. كما رصدت المفوضية المصرية للحقوق والحريات، 340 حالة اختفاء بين أغسطس ونوفمبر الماضيين، بمعدل 3 حالات يوميًا. وأعلنت المفوضية فى تقرير، أنها استعانت باستمارة إبلاغ عن حالات الاختفاء، من خلال حملة «أوقفوا الاختفاء القسرى»، متهمة بعض أجهزة الأمن، باختطاف أشخاص وإخفائهم فى أماكن سرية أو غير قانونية، مشيرًا إلى تورط بعض الأجهزة الأمنية، وتعد جريمة الاختفاء القسرى جريمة ضد الإنسانية إذا مورست بشكل منهجى أو واسع النطاق وتؤكد المفوضية، أن الطريق إلى إرساء قيم العدالة ودولة القانون لا يمكن أن تشوبه جرائم ضد الإنسانية كالاختفاء القسرى. وأوضحت المفوضية، تعرض المحتجزون خلال فترات اختفائهم لأساليب مختلفة من التعذيب وسوء المعاملة والحاطة بالكرامة الإنسانية من أبرزها الصعق بالكهرباء، والتعليق من اليد والرأس لأسفل، وتعليق الضحية كالذبيحة، والتهديد بالاعتداء الجنسى، وذلك بغرض انتزاع اعترافات أو جمع معلومات عن أفراد أو كيانات تقوم بتنظيم التظاهرات أو مشتبه بصلتهم بهجمات إرهابية، وقد ظل الضحايا خلال فترة احتجازهم معصوبى العينين ومقيدين اليدين فى ظروف احتجاز قاسية. واعتمدت المفوضية فى تقريرها على إجراء مقابلات مع بعض ممن نجوا من جريمة الاختفاء القسرى، وكانوا محتجزين بمقار احتجاز تابعة للأمن الوطنى والقوات المسلحة. وفي السياق نفسه اصدرت "هيومان رايتس ووتش"، المنظمة الدولية المعنية بحقوق الإنسان، تقريرا يوثق العشرات من حالات الاحتجاز السري والاختفاءات القسرية التي تنفذها أجهزة الأمن في مصر منذ أبريل 2014قائلة: "يبدو أن قوات الأمن المصرية اختطفت عشرات الأشخاص بدون إشارة إلى أماكنهم أو ما حدث لهم ويعمل إخفاق النيابة العامة في التحقيق الجدي في تلك القضايا على تعزيز الإفلات شبه المطلق من العقاب الذي تمتعت به قوات الأمن في عهد الرئيس السيسي". الناشط الحقوقي محمد أبو ذكري، مدير مركز المناضل للحقوق والحريات أكد أن الاختفاء القسري ظهر وازدادت وتيرته في عهد الرئيس عبد الفتاح السيسي، مشيرًا إلي أن لكل نظام أسلوبه للتنكيل بالمعارضين سواء أكانوا صحفيين أو غيرهم، موضحًا أن التشكيك في عمليات الاختفاء القسري ليست مبررة في ظل وجود حالات مادية وملموسة. وأضاف أبو ذكري في تصريحات خاصة ل"المصريون "، أن الاختفاء القسري أصبح نمطا تتعامل مع الحكومات المصرية مع المعارضين والناشطين، مشيرًا إلي تزايد هذه الظاهرة منذ تولي وزير الداخلية مجدي عبد الغفار. وتابع إننا نتحدث عن جريمة تسمح بجرائم أخرى فعندما يختفي شخص قسريًا يكون تحت خطر التعرض للتعذيب، موضحًا أنه إذا تمت عملية الاختفاء القسري بشكل منظم يمكن اعتبارها جريمة ضد الإنسانية مطالبًا بالتكاتف من أجل وقف تلك الظاهرة. فيما قال الباحث الحقوقي المصري أحمد مفرح، إنه توجد في مصر سجون سرية لا تستطيع النيابة العامة الوصول إليها وأضاف أن النيابة العامة شريك أساسي في وقوع عمليات التعذيب وإخفاء المعارضين.