كشفت مصادر حقوقية عن انتهاكات جديدة بحق المعتقلين بسجن المزرعة، وبالأخص القيادات المنتمية لجماعة الإخوان المسلمين والتيار الإسلامي الذين اشتكوا من سوء المعاملة داخل السجن، وتعريض حياتهم للخطر نظرًا لمنع الأدوية والتهوية والتريض عنهم. وكانت مصلحة السجون عاقبت القيادات الموجودة بسجن ملحق المزرعة، عبر سحب أدواتهم الخاصة وأسرتهم، وعلى رأسهم سعد الكتاتني، رئيس حزب الحرية والعدالة، وأبو العلا ماضي رئيس حزب الوسط. وشهدت سجون طرة عدة انتهاكات في الفترة الأخيرة، بسبب تعسف حسن السوهاجي، مساعد الوزير لقطاع مصلحة السجون، في معاملة المعتقلين. وكان عدد من القيادات أبرزهم محمد البلتاجي، القيادي الإخواني، وعصام سلطان نائب رئيس حزب الوسط، اشتكوا من سوء المعاملة داخل سجن العقرب. ومنذ تولي اللواء مجدي عبد الغفار، وزارة الداخلية، خلفًا للواء محمد إبراهيم، زادت أوضاع المعتقلين سوءًا.