استبعد مقربون من جماعة "الإخوان المسلمين" فكرة المصالحة الوطنية بين الجماعة والنظام في الوقت الراهن لعدة أسباب، في ظل التصعيد الأمني المتبعة ضد الجماعة، وعقب إحالة مجموعة من قياداتها إلى المحكمة العسكرية. وكان محللون سياسيون قد رجحوا أن سبب إحالة 199 من قيادات "الإخوان", يتصدرهم محمد بديع المرشد العام لتنظيم الإخوان, والقياديين الإخوانيين محمد البلتاجي وصفوت حجازي إلى محكمة عسكرية يرجع إلى "فشل المصالحة التي كانت تدار خلف الستار بين النظام وجماعة الإخوان". وردًا على ذلك أكد سامر إسماعيل، عضو جماعة الإخوان، أن "مسألة المصالحة مع النظام باتت حلمًا مستحيل التحقق خاصة بعدما تواتر عن اغتصاب فتيات في السجون من مؤيدي الإخوان، فضلاً عن مئات القتلى والإخوان"، مشيرًا إلى أن ذلك يعد خسارة والمصالحة ستكون خسارتهم أكبر. وأضاف إسماعيل ل"المصريون": "قصف ليبيا كانت رسالة ضغط على إخوان مصر مفادها أن إخوان ليبيا الذين يحكمون طرابلس في مرمى نيران الجيش المصري، إذا دخل الإخوان في حرب مفتوحة من النظام داخل مصر بعد ظهور المقاومة الشعبية والعقاب الثوري وغيرهم من الحركات المسلحة الجديدة". ونفى إسماعيل وجود أي محاولة المصالحة بشكل مباشر بين الطرفين قائلا: "ربما كان هناك وسيط بينهم لكن الأحداث تؤكد أنه لا تبدو في الأفق أي مصالحة قريبًا بين الطرفين". من جهته، أكد عمرو عادل، القيادي بحزب "الوسط"، أنه لا يعلم كواليس إحالة الإخوان للمحاكمة العسكرية، واصفًا ذلك بالمسرحية الكوميدية قائلا: "القضاء العادي أصبح أسوأ من القضاء العسكري". وفي هذا السياق، استبعد مختار غباشي، رئيس المركز العربي للدراسات السياسية، وجود أي مبادرات في الوقت الراهن بين النظام والإخوان، موضحًا أن كليهما فى مأزق؛ فالأول يعتبر الجماعة إرهابية ويتعامل معها بهذا المنطق، والثاني يرى أن السلطات الحالية انقلابية وتحارب بكل أسلحتها من تسريبات وغيرها، ويرد الأول على ذلك بالمحاكمات. وأضاف أن كل طرف يحاول تكسير أطراف الآخر، مشيرًا إلى أن المحاكمات العسكرية نوع آخر من حروب النظام مع الجماعة ضمن حروب تكسير النظام بين الطرفين.