طالبت لجنة تقصي الحقائق المستقلة في أحداث العنف الطائفي بإمبابة في تقريرها النهائي بضرورة تعديل البنية التشريعية والقانونية، من خلال إجراء تعديلات على القوانين التي ترسخ التمييز بين أفراد المجتمع, وتغليظ العقوبات فيما يتعلق بازدراء الأديان والمتسببة في أحداث الفتنة الطائفية, والإسراع بإصدار قانون دور العبادة الموحد. وأوصت المنظمات الثمانية التي شكلت لجنة لتقصي الحقائق في أحداث إمبابة، بتغيير معالجة ملف الاحتقان الطائفي من المعالجة الأمنية إلى المعالجة القانونية, والعمل على إطلاق حرية الاعتقاد, ومعالجة القصور الأمني بأسرع ما يمكن وخاصة في المناطق الفقيرة والعشوائية, بالإضافة لوضع خطة عاجلة من قبل الجهات الأمنية والسياسية لحماية المنشآت الدينية والحيوية. وطالبت الدولة بضرورة وقف ظاهرة أعمال البلطجة والخارجين على القانون والهاربين من السجون الذين يمثلون الذراع الطولي لمحركي أحداث الفتنة الطائفية والتخريب في مصر، ودعت الحكومة المصرية والجهات المسئولة إلى ضرورة الاعتراف بوجود إشكالية احتقان طائفي والبحث عن حلول بعيداً عن إنكار الظاهرة وتجاوزها وحذرت من أن أحداث إمبابة مرشحة للتكرار في مواقع جغرافية أخرى ما لم تتخذ إجراءات قانونية حاسمة ورادعة ضد المتسببين فيها، خاصة وأن أحداث إمبابة الأخيرة هي نتاج طبيعي وحتمي بسبب تدنى المستوى المعيشي والفقر والعشوائية التي يعيشها سكان هذه المنطقة وتوجه انتباه الدولة إلى ضرورة الاحترام الاقتصادي والتنموي بهذه المناطق الفقيرة. وأعد التقرير جمعية حقوق الإنسان لمساعدة السجناء، والمنظمة العربية للإصلاح الجنائي، والبرنامج العربي لنشطاء حقوق الإنسان، والمؤسسة العربية لدعم المجتمع المدني وحقوق الإنسان من جانبها، استنكرت المنظمة العربية لحقوق الإنسان، التراخي الأمني الذي قوبلت به هذه أحداث اشتباكات ماسبيرو في ظل استمرار جهاز الشرطة في النكوص عن أداء واجباته المهنية في حفظ القانون والنظام وحماية الأرواح والممتلكات، على نحو يوحي بوجود محاولة ابتزاز منهجية للمجتمع والدولة للحيلولة دون محاكمة المتورطين في الجرائم المرتكبة في سياق ثورة 25 يناير المجيدة، على حد قولها. ورأت المنظمة أن القبول الشعبي والسياسي لقرار المجلس الأعلى للقوات المسلحة استمرار العمل بقانون الطوارئ خلال المرحلة الانتقالية قد استند على الاعتقاد بأنه سيتجه للتحفظ على أركان وميليشيات النظام السابق لحين توفير الأدلة المادية والقانونية الكافية لمحاسبتهم على جرائمهم، وهو إجراء كان من شأنه أن يحد من قدراتهم للتآمر على مستقبل البلاد. وطالبت المجلس الأعلى للقوات المسلحة والحكومة الانتقالية بالتصدي بكل حزم لهذه الأحداث الخطيرة، واستبعاد أي معالجات لا تستند على التطبيق السليم لصحيح القانون على الكافة بغض النظر عن انتماءاتهم الدينية والسياسية. وحذرت المنظمة من مغبة التراخي في مواجهة هذه الأحداث الخطيرة في ظل استمرار وتصاعد مناخ الاحتقان الطائفي الذي صنعه النظام السابق بإحكام طوال عقدين متصلين بهدف تأكيد الحاجة لاستمراريته وغض النظر عن خطاياه وجرائمه، وهو ما لم تنجح السلطات الانتقالية في معالجته على النحو المناسب حتى الآن، وهو علاج يتطلب بشكل عاجل إنهاء حالة الارتباك السياسي التي تعيشها البلاد. وطالبت بإعلان برنامج مهام سياسية وجدول زمني واضح يلبي المطالب الكلية للثورة، وأولها الحاجة للبدء فورًا بوضع دستور جديد، والإسراع بمحاسبة الجناة في الجرائم المرتكبة في سياق الثورة، والتصدي لأي محاولات للإفلات من العقاب، و اتخاذ إجراءات جذرية لعلاج الخلل في مؤسسة الشرطة بما يتجاوز شكليات إعادة الهيكلة، والاستجابة للنداءات الشعبية المتواصلة بحل المجالس المحلية التي يمكن أن تكون قد شكلت أو تُشكل قوام الثورة المضادة، وفرض حدود واضحة تكفل الحيلولة دون توظيف المعتقدات الدينية في الشئون العامة على نحو يفاقم حالة الاحتقان ويحط من رفعتها وقداستها، وضمان سلطة الدولة على مختلف دور العبادة.