أكد الدكتور محمد بديع، المرشد الإخوان المسلمين، أن ثورة 25 يناير فتحت أبواب الحريات وآفاق العدالة نحو ريادة الأمة التي يدعو إليها الإسلام، موضحا أنه آن الأوان ليكون للعلماء دور في نهضة وبناء الأمة وتربية شعوبها. وقال بديع إن الشريعة الإسلامية تدعو إلى تحقيق الحرية بمفهومها الحقيقي، مصداقًا لقوله تعالى (لاَ إِكْرَاهَ فِيْ الدِّيْنِ قَد تَّبَيَّنَ الرُّشْدُ مِنَ الْغَيِّ), وأشار إلى أنه لن تتحقق الرحمة والكرامة والعدالة في العالم إلا في ظل الإسلام ولا ضمان لحماية حقوق الأقباط التي رفض نظام حسني مبارك تحقيقها إلا في ظل الشريعة الإسلامية. وطالب المرشد في مؤتمر "نحو إستراتيجية دعوية للدعاة والخطباء" عقدت بمقر نقابة المهن العلمية, جميع دعاة وخطباء الإخوان بالمؤسسات الدينية توضيح وإيصال الدعوة الإسلامية السمحاء بمفهومها الشامل بعد ثورة 25 يناير إلى أفراد المجتمع كله، بمسلميه ومسيحييه كخطوة ضرورية لتطهيره من خبائثه وأمراضه الأخلاقية والسلوكية. وشدد على ضرورة ملاحقة أفراد أمن الدولة المنحل ومقاضاتهم؛ لعدم إعطاء الفرصة لاستنساخ جهاز الأمن الوطني لحماية الثورة والبلاد من المغرضين المتسببين في إحداث إمبابة وغيرها الرامية إلى الوقيعة بين المسلمين والمسيحيين. من جانبه، أكد الدكتور عبد الرحمن البر عضو مكتب الإرشاد على موقف "الإخوان" الذي يشدد على ضرورة استقلال الأزهر الشريف والمؤسسات الدينية عن الحكومة وإعادة هيئة كبار العلماء واختيار شيخ الأزهر بالانتخاب. وأوضح أن حزب الجماعة "الحرية والعدالة" مستقل عن الإخوان، ومرجعيته إسلامية، وأنه سينسق مع مؤسسات الجماعة في كل المناحي. على صعيد آخر، طالب عدد كبير من أعضاء الإخوان بإذاعة جلسات محاكمة النظام المخلوع حيث بلغ نسبة عدد المؤيدين لإذاعة جلسات محاكمة رجال نظام مبارك في الاستفتاء الذي أجراه الموقع الرسمي للجماعة (إخوان أون لاين) 94.28% ، أما نسبة الرافضين لإذاعة الجلسات فبلغت 5.73%