أثار حكم محكمة الأمور المستعجلة بالإسكندرية، بمنع أعضاء جماعة "الإخوان المسلمين" والمنشقين عنها من الترشح للانتخابات الرئاسية والبرلمانية المقبلتين، جدلًا واسعًا، لاسيما فى ظل ما تتعرض له الجماعة وأعضاؤها من إقصاء واعتقالات واسعة. ويطرح الحكم تساؤلاً حول ما إذا كان بالإمكان تنفيذه على أرض الواقع، في ظل صعوبة إثبات انتماءات أعضاء "الإخوان"، باستثناء هؤلاء المعروفين، بوصفهم قيادات بالجماعة، فضلاً عن أن ذراعها السياسي، حزب "الحرية والعدالة" لم يصدر قرار بتجميده حتى الآن. وقال إمام يوسف، القيادي ب "التحالف الوطنى لدعم الشرعية": "إذا كانوا يهدفون بذلك الحكم إقصاء جماعة الإخوان فلن ينجحوا فى ذلك، حيث إن أعضاء الجماعة متواجدون فى كل موقع فى المجتمع وجزء منه، إلا أن ذلك الحكم يكشف كذب ما ادعوه من أن مصر للجميع ولا إقصاء لأحد". وتابع: "يجيء ذلك في الوقت الذي انتقد فيه الكثيرون لجنة المائة (الجمعية التأسيسية لوضع الدستور) حينما وضعت مادة عزل أعضاء الحزب الوطنى لمدة معينة، على الرغم من كل جرائمه فى حق الشعب، والآن يقصون الإخوان الذين لم يثبت عنهم التورط فى أى قضايا نهب أو فساد". وعن طريقة التعامل مع الحكم، قال، إنه "يسهل ممارسة العمل السياسي بأي أسماء أخرى". من جانبه، أكد خالد الزعفراني، القيادي المنشق عن الإخوان، والباحث في الإسلام السياسي، أن مشاركة الجماعة في الانتخابات البرلمانية القادمة تمثل بالنسبة لها مسألة حياة أو موت، وستبدأ فى التجهيز لها من الآن من خلال الدفع بشخصيات غير معروف انتمائها للجماعة ولم تشارك فى أى من انتخابات مجلس الشعب أو الشورى الماضيين، مشيرًا إلى أن هؤلاء يتواجدون بشكل كبير داخل الجماعة. وأوضح أن الحكم الصادر يمكن الطعن عليه بسهولة، وحتى فى حال تأكيده من محكمة أعلى، فتستطيع الجماعة التحايل عليه للحفاظ على تواجدها، والدليل على ذلك مشاركتها فى انتخابات النقابات. وعن "الجماعة الإسلامية"، الشريك الأقوى للإخوان داخل التحالف، أكد الزعفراني، أن "غالبية قواعد الجماعة الإسلامية ترفض الاستمرار مع الإخوان إلا أن القيادات الأعلى صوتًا هم المتمسكون بالإخوان للحفاظ على ماء الوجه". وتابع قائلًا: "الجماعة الإسلامية تشارك فى التحالف إعلاميًا فقط"، والانتخابات البرلمانية القادمة ستمثل أول شقاق بين الإخوان والجماعة الإسلامية، حيث ستعلن الأخيرة عن خوضها الانتخابات البرلمانية بصورة صريحة"، على حد قوله. من الناحية القانونية، اعتبر المستشار أحمد الخطيب رئيس استئناف محكمة القاهرة، أن تنفيذ قرار محكمة الأمور المستعجلة يواجه صعوبات عملية، حيث يصطدم بعملية تنفيذه, لكنه أكد أن الحكم نافذ باعتباره صادرًا من القضاء المستعجل إلى أن يتم الطعن عليه من المحكمة الاستئنافية. وأوضح الخطيب، أنه فى حالة تأييد الحكم فإنه سوف يصطدم بعقبات فى التنفيذ أهمها لا يوجد كيان قانونى يضم أعضاء جماعة الإخوان المسلمين على نحو ثابت يمكن معه تنفيذ ذلك الحكم فى وجهته وحرمانهم من الترشح. وأشار إلى أنه فضلًا عن أن الدستور نص صراحة بأنه لا عقوبة إلا بجريمة واقعة، وبناءً على تحقيق قضائى وحكم محكمة صادر بشأنها، "بالتالى فإن الحرمان الجماعى سوف ينصب أثره على أشخاص لم يثبت تورطهم فى أية جرائم وأن محل تنفيذه الأشخاص الصادرة بحقهم أحكام جنائية يترتب عليها, حرمانهم من مباشرة الحقوق السياسية"، مؤكدًا أن العقوبة الشخصية لا يجوز أن يمتد أثرها متى لم يثبت ارتكابه أية جريمة، على حد تعبيره.