أثار قرار لجنة الخمسين المعنية بتعديل الدستور، في جلستها الثانية المغلقة، بوضع المادة (47) لتنص على "حرية الاعتقاد مطلقة، وتكفل الدولة حرية ممارسة الشعائر الدينية وإلغاء جميع القواعد المقيدة لبناء الكنائس جدلاً واسعًا بحزب النور السلفي الذي يرفض وضع مادة جديدة تتيح بناء الكنائس، مؤكدًا أن هذا الأمر يتعلق بالقانون وليس الدستور وتفعيله يؤكد رفض الدستور المعدل، بينما لقي القرار ترحيبًا واسعًا من جانب الكنسية المصرية معتبرة إياها استكمالا للحريات الشخصية. ورفض على قطامش، القيادي بحزب النور السلفي وعضو مجلس شعب سابق عن الحزب، القرار الصادر من قبل اللجنة، مشيرًا إلى أن بناء الكنائس يجب أن يأتي طبقا للقانون وليس لدستور طبقًا لتعداد السكاني فى المنطقة. وأكد رفض الدستور قبل حسم الخلاف حول مواد الهوية، مضيفا "بناء الكنائس قبل حسم الخلاف رفض مبكر لدستور المعدل" مضيفا بقوله: "أنا فى حيرة من أمر اللجنة وإذا لم تحسم مواد الهوية يحدث صراع الشد والجذب ويزيد من صراع التيارات". فيما أكد رمسيس النجار، المستشار القانوني للكنيسة ترحيبهم بوضع مادة جديدة بالدستور يمنح حرية بناء الكنائس وإقامة الشعائر الدينية، لافتا إلى أن بناء الكنائس من مبدأ من حرية العقائد والشعائر، طالما أن الحرية ممنوحة لذلك فيجب أن يكون هناك نص يبوح ببناء دور العبادة طبقا لحريات الشخصية الممنوحة فى الدستور، فهذا النص لن يكون مستحدثًا ولكنه سوف يكون مكملاً لنص الحريات الدينية المتعارف عليها بالحريات الشخصية. وأشار إلى أن الكنائس ودور العبادة المسيحية تبنى على نفقة الأقباط دون مساعدة أو مساهمة من الدولة، الأمر الذي لا يجعل هناك عبء على الدولة.