في أحدث مؤشر على الخلافات بين الطرفين، والتي تصاعدت حدتها قبل شهور، أعرب الدكتور سعد الدين الهلالي، أستاذ الفقه بجامعة الأزهر، وعضو لجنة الخمسين لتعديل الدستور عن رفضه تحصين منصب شيخ الأزهر من العزل في الدستور الجديد، معتبرًا أن ذلك مخالفا للقانون الطبيعي الذي وضعه الله. الهلالى أكد في تصريحات إلى للمحررين البرلمانيين، عقب استخراج "كارنيه" لجنة الخمسين، "أن المادة الخاصة بالأزهر تحتاج إلى مراجعة وتعديل فكيف يكون شيخ الأزهر مستقلاً ومؤسسة الأزهر مستقلة أيضًا.. هل يعنى هذا أن الشيخ مستقلا عن مؤسسته". واعتبر مقربون من شيخ الأزهر أن موقف الهلالي يأتي على خلفية "توبيخ" الطيب له قبل شهور حين أفتى فى الفضائيات، ب "إباحة الخمر"، قائلاً إن "البيرة المصنوعة من الشعير، والخمر المصنوع من التمر، والنبيذ من غير العنب، فإنه يحرُم الكثير المسكر منه، أما القليل الذى لا يسكر فإن تناوله حلال، طالما أنه لا يسبب حالة من السكر وذهاب أو غياب العقل"، وغيرها من الفتاوى التى أثارت جدلاً فى الشارع المصرى. ففي حينه أحضره شيخ الأزهر لمكتبه بمقر المشيخة بالدراسة، بعد شكوى من الدكتور طه ريان عضو هيئة كبار العلماء بالأزهر. وقال له: "هناك فرق بين فقه التيسير -في الشريعة- المبني على اليُسْر ورفع الحرج، والمنضبط بضوابط المعقول والمنقول، وبين منهج المبالغة والغلو في التساهل والتيسير واتباع الرخص وشواذ الآراء". وأضاف "فلا ينبغي للمفتي – تحت ضغط الواقع – أن يضحي بالثوابت والمسلمات، أو يتنازل عن الأصول والقطعيات بالتماس التخريجات والتأويلات التي لا تشهد لها أصول الشريعة ومقاصدها". كما أشار إلي أن الرخص الشرعية الثابتة بالقرآن والسنة لا بأس بالعمل بها لقول النبي صلى الله عليه وسلم في الحديث الصحيح : "إن الله يحب أن تؤتى رخصه كما يحب أن تؤتى عزائمه". يشار إلى أن المادة الرابعة من دستور 2012 المعطل تنص على أن "الأزهر الشريف هيئة إسلامية مستقلة جامعة، يختص دون غيره بالقيام على كافة شؤونه، ويتولى نشر الدعوة الإسلامية وعلوم الدين واللغة العربية في مصر والعالم، ويؤخذ رأي هيئة كبار العلماء بالأزهر الشريف في الشئون المتعلقة بالشريعة الإسلامية، وشيخ الأزهر مستقل غير قابل للعزل، يحدد القانون طريقة اختياره من بين أعضاء هيئة كبار العلماء، وتكفل الدولة الاعتمادات المالية الكافية لتحقيق أغراضه، وكل ذلك على النحو الذي ينظمه القانون".