فيما يتعلق بموقف الإخوان من الدولة الإسلامية فإنهم يرونها الدولة الحديثة ليست بدولة ثيوقراطية ولا علمانية، ولكنها دولة مدنية الأمة فيها مصدر السلطات وهي دولة مواطنة ودولة تعددية وتداولية ، وفي شكل أكثر وضوحا يقرر عصام العريان نائب رئيس حزب الحرية والعدالة « حزب الحرية والعدالة يعمل من أجل دولة مدنية ديمقراطية دستورية حديثة تطبق الشريعة، ولا علاقة للإسلام بالدولة الدينية، وفي أحد المؤتمرات الانتخابية قال المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين: الإسلام لا يعرف إلا الدولة المدنية، وأنه لا مجال للخوف من نظام الحكم الإسلامي، وأشار سعد الكتاتني رئيس حزب الحرية والعدالة إلى أن الإخوان يؤمنون بدولة مدنية يكون الشعب فيها هو مصدر السلطات، وتكون مرجعية الحزب هي مبادئ الشريعة الإسلامية المتوافقة مع المادة الثانية في الدستور، وأشار إلى أن الدولة المدنية تتسع للعديد من المرجعيات سواء إسلامية أو شيوعية أو ليبرإلىة، كما أن مرجعية حزبنا لن تفرق بين الناس على أساس العقيدة، وتكفل حرية ممارسة الشعائر للمسلمين وغير المسلمين. يبدو أن الإخوان المسلمين قد قطعوا على المستوى النظري على الأقل طبيعة الدولة التي يريدونها وهي دولة مدنية بمرجعية إسلامية يكون الشعب فيها مصدر السلطات وتقبل بتداول سلمي للسلطة وتوزيع السلطات داخلها، ولا يتحدث الإخوان مثلا عن خلافة إسلامية، كما أنهم يرفضون بشكل قاطع النموذج الإيراني في الحكم، ورغم إعجابهم بالنموذج التركي ولكنهم يرفضونه أيضا بسبب الجانب العلماني فيه، وليس أدل على ذلك من تصريحات قيادات الإخوان فيما يتصل بتصريحات رئيس الوزراء التركي حين تحدث عن العلمانية التركية والدولة المدنية ، صحيح أن أردوغان في لقائه بقيادات الإخوان وعلى رأسهم الدكتور محمد بديع في مصر قال لهم لقد استعرتم اسم حزبنا ونريد منكم أن تدفعوا حقوق الملكية الفكرية للصومال، بيد أن أردوغان قال في هذا اللقاء إن حزب العدالة والتنمية التركي ليس إسلاميا وليس هناك حزب إسلامي ديمقراطي ، ومن ثم فالتشابه في الأسماء بين الحزبين لاينفي وجود فوارق بين الخبرتين، حيث يتمتع الإسلام بثقل ضخم في الحياة السياسية بعد الثورة وهو ما يعني الحضور لمرجعية الشريعة الإسلامية بكثافة. وعلى صعيد الموقف من الشريعة الإسلامية فإن الإخوان كانوا مع بقاء المادة الثانية كما هي في الدستور بيد أن الضغوط السلفية عليهم جعلتهم يقبلون بإضافة المادة 219 المفسرة للمادة الثانية، وكان الإخوان قد أيدوا موقف الأزهر من المادة الثانية للدستور والتي أعلنها شيخ الأزهر بقوله: إن الأزهر الشريف كان موقفه ومازال هو الإبقاء على المادة الثانية في الدستور كما هي «مبادئ الشريعة الإسلامية هي المصدر الرئيسي للتشريع».ويري الإخوان المسلمون أن المجتمع يحتاج إلى تهيئة تحقق له ضروراته، وتنمية سلوكه الأخلاقي والبشري ، وكانت الشريعة الإسلامية قد حظيت بموقع متميز في الخطاب الإخواني مع قرارهم بترشيح واحد من الجماعة بعد أن كانوا قد أعلنوا أنهم لن يرشحوا أحدا، وفي الفترة التي كان خيرت الشاطر هو المرشح قال إن الشريعة الإسلامية هي مشروعه الأول والأخير ، وحين ترشح الرئيس مرسي للانتخابات كان موضوع الشريعة من الموضوعات الرئيسية في برنامجه الانتخابي لحشد الأصوات السلفية خلفه، ولكنه بعد وصوله للسلطة واجه هجوما من التيارات الإسلامية بسبب ما اعتبروه خُلفا لعهده ووعده لهم وعدم تطبيق الشريعة الإسلامية . وفيما يتعلق بالموقف من المسألة القبطية فإن الإخوان يرون الأقباط مواطنين مصريين وأن الفقه الإسلامي المتعلق بالجزية هو مسألة تاريخية، وكان حزب الحرية والعدالة قد قبل رفيق حبيب نائبا لرئيس الحزب ولكن يبدو أن ضغوط الجماعة القبطية عليه دفعته للاستقالة، كما أن مرسي جعل سمير مرقص مستشارا له ولكن الأخير أعلن استقالته بسبب الإعلان الدستوري الذي أصدره الرئيس في نوفمبر 2012 واعتبره كثيرون من المثقفين والسياسيين استخداما لسلطات من جانب الرئيس لا تحق له، وحين قام الرئيس بتعيين التسعين مقعدا الشاغرة في مجلس الشورى فإنه عين 12 قبطيا من الشخصيات العامة وتم تمثيل الكنيسة بعدد 8 نواب، بيد أن قيادات قبطية ينقمون على الرئيس عدم ذهابه للكنيسة لتهنئة البابا بترسيمه رأسا للكنيسة القبطية، كما أن الرئيس لم يزر الكنيسة حتى الآن وإنما يوفد ممثلين له كان آخرهم رئيس ديوان الرئاسة محمد رفاعة الطهطاوي للتهنئة بعيد الميلاد ، والذي كان أعضاء من الإخوان قد أفتوا بعدم تهنئة الأقباط به وذلك لأن المسلمين لا يعتقدون قيامة المسيح . في الواقع يواجه الرئيس ضغطا سلفيا من رموز داخل التيار السلفي الدعوي مثل أبو إسحاق الحويني ومحمد حسين يعقوب ومصطفى العدوي، وهنا يقف الرئيس بين مطرقة الأقباط وسندان السلفيين حيث صرح البابا صراحة مؤخرا باندهاشه لدعم أمريكا للرئيس مرسي وهو ما يستبطن إعلان شعور الأقلية بالاضطهاد في زمن الإخوان الذي يستدعي ضغطا أمريكيا. كما أن البابا يغازل القوات المسلحة ويقول إنها لعبت دورا مهما في الفترة الانتقالية مؤكدا أنها مؤسسة منضبطة ولم تتلوث بالتطرف، وهو ما قد يثير هواجس الرئيس والإخوان في ظل حديث عن توتر مكتوم وربما صراع بين الرئيس ومؤسسة الجيش. يرفض حزب النور الدولة المدنية ويعتبرها غطاء للعلمانية، كما أنه يرفض أن يكون رئيس الجمهورية غير مسلم أو امرأة، بل يزيد على ذلك أن يكون المحافظ كذلك باعتباره ولاية عامة في شأن خاص كما كان الماوردي يقول في كتابه الأحكام السلطانية ولذا دعم الحزب عزل محافظ قنا بسبب كونه غير مسلم ، ويحدد قيادي سلفي الدولة المدنية بأنها التي لا يحكمها العسكريون ، بينما يشير المتحدث باسم الحزب صراحة إلى أنهم يرفضون الدولة المدنية وأن دساتير سبع دول أوروبية نصت على ديانة رئيس الدولة وأن المادة الثانية من الدستور تعني تلقائيا أن يكون رئيس الدولة مسلما ذكرا، وكان الحزب قد أعلن أنه سينسحب من التأسيسية إذا تضمن الدستور مدنية الدولة، وأوضح ياسر برهامي نائب رئيس الدعوة السلفية والرجل القوي بها أن الدولة المدنية تعني اللادينية وأنها دولة لا مرجعية للشريعة فيها، وهاجم الليبرالية وقال هي الحرية المطلقة ومادمت لا تعتدي على حرية غيرك فمن حقك أن تكفر وترتد . وفي سجال سلفي مع التيار الليبرإلى أوضح عبد المنعم الشحات أحد رموز التيار السلفي أن دولتهم المدنية عسكرية ديكتاتورية نخبوية، وفي سياق جداله حول وثيقة الأزهر أوضح أنها أحسنت أن تجنبت ذكر الدولة المدنية لأنها قد تحمل في طياتها معاني علمانية . وكانت مناظرة قد عقدت بين عبد المنعم الشحات وسعد الدين إبراهيم حول مفهوم الإسلام السياسي والعلمانية وسأل الشحات فيها سعدا ما الفرق بين المدنية والعلمانية فقال العلمانية لها ثلاثة معان الأول معاد للدين تماما، والثاني يؤمن بالفصل بين الدين والدولة ولكنه لايعادي الدين، والثالث وهو المعنى الأمريكي وهي العلمانية المؤمنة، وسأله سعد الدين عن عدم اقتنائه التماثيل . وكانت قد تأسست حركة مسيحية من قبل اسمها «اتحاد شباب ما سبيرو» والتي عملت علي تعزيز الحقوق السياسية للمسيحيين ورفض العنف الطائفي ضدهم . مع الصعود السلفي والإخواني والإسلامي بعامة بعد الثورة المصرية وجد المسيحيون أنفسهم بطبيعة الأشياء منحازين للاتجاهات الليبرالية خاصة الكتلة المصرية والتي أشارت معلومات متواترة إلى أن الكنيسة قد وجهت مواطنيها إلى التصويت لها ، كما أن الأصوات المسيحية لعبت دورا كبيرا في التصويت لمنافس مرسي في الجولة الثانية للانتخابات وهو أحمد شفيق. ولعبت الأصوات المسيحية دورا كبيرا في التصويت ب»لا» على الدستور الذي اعتبرته الكنيسة القبطية دستورا إسلاميا أزيد من الحد الذي تتحمله، ومع مجيء رئيس إسلامي للسلطة وجدت الكنيسة نفسها تقف في صف الأحزاب الليبرالية ورغم نفيها عملها بالسياسة واقتصارها على الرعاية الدينية والروحية لأتباعها، فإنها أعلنت على لسان البابا الجديد أن الكنيسة ترى نفسها أقرب إلى التيار الليبرإلى وأن الدولة المدنية هي الأقرب لرؤية الكنيسة القبطية ، موقف ممثلي الكنائس في الجمعية التأسيسية بعد تردد وجد نفسه في الموقع نفسه الذي وقف فيه التيار الليبرإلى والذي انسحب أخيرا من الجمعية التأسيسية بعد أن قطع ممثلوه شوطا كبيرا في الإعداد لمواد الدستور حتى كادت أن تصل إلى قرب نهايتها، لم يتردد بابا الكنيسة في إعلان تحفظه على المادة 219 في الدستور وهي التي تفسر معنى مبادئ في المادة الثانية منه رغم أن الدستور الجديد نص في مادة مستقلة على تحاكم أهل الشرائع السماوية إلى شرائعهم فيما يتصل بأحوالهم الشخصية وإدارة شئونهم الدينية، وهو ما لم يحدث من قبل في أي دستور مصري . أثارت التيارات الليبرالية غبار مخاوفها وشكوكها مما اعتبرته الدولة الإسلامية التي ستفرض الجزية على غير المسلمين وستذهب إلى تطبيق الإسلام في كل مناحي الحياة في الفنادق والسياحة، وفرض الحجاب وغيرها من الشئون التي قد تضر بالحريات الشخصية لغير المسلمين وتهدد أنماط حياتهم . ورغم اعتراض السياسيين الأقباط على ما يثار حول الكوتة للأقباط -أي أن تكون لهم نسبة معينة في المجالس النيابية والمنتخبة وفي الحكومة -لأنها تخل بمبدأ المساواة فإن قيادات كنسية بارزة دأبت على المطالبة بتلك الكوتة التي تصبغ النظام السياسي بطابع طائفي