في خطوة اعتبرها عدد من الأزهريين انقلابا ضد رجال الشيخ الراحل الدكتور محمد سيد طنطاوي بعد شهرين من وفاته، أصدر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر قرارا بنقل الشيخ محمد عبد المجيد الخزرجى الأمين العام للمجلس الأعلى للأزهر إلى وظيفة رئيس قطاع مدن البعوث الإسلامية. وقرر إسناد وظيفة الأمين العام للمجلس الأعلى للأزهر للشيخ عبده الشواف "بصفة مؤقتة" لحين شغلها بصفة أصلية ممن تتوافر فيه شروط شغلها وفقًا لأحكام قانون الوظائف المدنية القيادية رقم (5) لسنة 1991 ولائحته التنفيذية. ويقوم الشيخ الطيب حاليا بتغيير طقم العاملين في مكتب شيخ الأزهر وإدارة العلاقات العامة والإعلام الذين عينهم الشيخ طنطاوي، وينتظر أن يتم الإطاحة بالشيخ علي عبد الباقي الأمين العام لمجمع البحوث الإسلامية، بعد تفجر أزمة صامتة بين الجانبين خلال الأيام الماضية على خلفية قرار شيخ الأزهر بمنع جميع أعضاء مجمع البحوث الإسلامية من التحدث لوسائل الإعلام.