رفعت القوى الإسلامية "راية التمرد" ضد تكليف الدكتور محمد البرادعي بتشكيل الحكومة الجديدة، معتبرين أن الرجل الذي تراجع عن قراره بخوض الانتخابات الرئاسية في مصر في العام الماضي لا يمكن أبدًا أن يشكل حكومة تقود مصر خلال المرحلة. ورفض الدكتور بسام الزرقا، عضو المجلس الرئاسي لحزب "النور"، تكليف البرادعي برئاسة الوزراء، محذرًا من أن اختيار المنسق العام لجبهة الإنقاذ الوطني المعارضة سيكرس حالة الاستقطاب السياسي في البلاد وسيعرقل مساعي المصالحة الوطنية في ظل حاجة البلاد الشديدة للم الشمل. ولوح بأن الإصرار على اختيار البرادعي قد يدفع الحزب إلى الانسحاب من "خارطة الطريق" بخصوص المرحلة الانتقالية، مؤكدًا أن مصر تحتاج لشخصية اقتصادية تكنوقراطية تسعى للم الشمل. فيما وصف المهندس أسامة حافظ، نائب رئيس مجلس شورى "الجماعة الإسلامية"، تكليف البرادعي بتشكيل حكومة الكفاءات والتراجع عن ذلك "يعكس حالة الارتباك الشديدة في المشهد السياسي"، معتبرًا أن المدير السابق للوكالة للدولية للطاقة الذرية "لا يصلح أن يكون رئيسًا للوزراء في بلد مسلم في وقت يستخف بالدين وعقيدة الشعب". واعتبر أن البرادعي بقبوله التكليف بهذا المنصب "يشكل مسمارًا في نعش التجربة الديمقراطية"، مشيرًا إلى أنه لعب دورًا مهمًا في الانقلاب على الرئيس الشرعي المنتخب، مشددًا على أن من جبن عن خوض الانتخابات الرئاسية لا يمكن أن يكلف بتشكيل الوزارة ويصل للحكم في تمثيلية سخيفة على رأس دبابة. ورفض التكهن بما ستؤول إليه الأحداث، معتبرًا أن استماع الجيش لصوت العقل هو من سيوفر حلًا مرضيًا للأزمة يحظى بدعم جميع الأطراف، مشيرًا إلى أن الانقلاب على الشرعية وعداوة فريق معين على ظهر الدبابات لحكم البلاد يخالف أبسط مبادئ الديمقراطية والحكم الرشيد. واعتبر محمد أبو سمرة، الأمين العام ل "الحزب الإسلامي"، الذراع السياسية ل "جماعة الجهاد"، أن الأنباء التي تحدثت عن تكليف البرادعي برئاسة الوزراء كفيلة بإشعال ثورة ثانية، "فلا يمكن قبول شخص لرئاسة ووراء مصر لعب دورًا في تدمير العراق ولا يعرف عن هوية هذا البلد إلا القليل". ورجح أن يؤدي الإصرار على تكليف البرادعي إلى توحيد الصف الإسلامي فقد يعيد حزب النور للمشهد الإسلامي وبل قد يغري الآلاف من أعضاء الحزب للنزول للميادين لمخالفة لرأي قيادتهم بشكل يضمن وجود حشد رهيب للدفاع عن الشرعية. من جانبه، رفض أحمد بديع، المتحدث باسم حزب "الوطن" السلفي، تكليف البرادعي بتشكيل الحكومة، معتبرًا أن هذا التكليف حال وقوعه أو التراجع عنه بشكل تام لن يغير من الواقع شيئًا فما بني على باطل فهو باطل. وقال إن إصدار المستشار عدلي منصور الرئيس المؤقت إعلانًا دستوريًا غير شرعي وغير قانوني وتكليفه للبرادعي أو غيره باطل شرعًا وقانونًا، "فنحن نرفض الانقلاب على الشرعية وأي تداعيات لهذا الانقلاب ونرغب في عودة الشرعية وساعتها يكلف من يكلف بتشكيل حكومة وحدة وطنية".