أدت القرارات التي قضت بخفض ميزانية جامعة الأزهر و كذلك العجز المالي في الميزانية والذي بلغ 300 مليون جنية إلي إغلاق 42 مركزا بحثيا تابعا للجامعة ويوجد حاليا 5 مراكز بحثية فقط هي التي تعمل الآن ، منها علي سبيل المثال مركز الشيخ صالح كامل للاقتصاد الإسلامي ومركز الخصوبة وتنظيم النسل فيما تقرر تجميد العمل في مركز تعليم اللغة العربية لغير الناطقين بها ومركز تحقيق التراث والمخطوطات الإسلامية أي أن المراكز التي تم إغلاقها هي المراكز العلمية والبحثية المعنية بالحفاظ علي الهوية العربية والإسلامية علاوة علي أن ضعف الموارد وتخفيض الميزانية تسبب في توقف العمل بمستشفي الحسين الجديد لطلبة كلية الطب وهو المشروع الذي تم بناء الهيكل الخرساني منه منذ 13 سنة ثم توقفت الاعتمادات المالية فيما بعد وتعطل إتمام تنفيذ المستشفي حتى الآن رغم حاجة طلاب الأزهر له نظرا لعدم وجود مستشفي جامعي لجامعة الأزهر خلافا لجميع كليات الطب الأخرى التي تملك مستشفيات تعليمية متخصصة في تدريب طلاب الطب أما طلبة الأزهر فإن دراستهم العملية تتم في مستشفيات غير متخصصة مثل مستشفي الحسين و مستشفي سيد جلال و هما تابعتان لوزارة الصحة كذلك تسبب هذا العجز في ضعف إمكانيات شراء الأجهزة والأدوات والمراجع العلمية لدرجة أن نصيب مكتبة كلية اللغات والترجمة من ميزانية جامعة الأزهر حوالي 1500 جنية فقط لشراء مراجع لكل الأقسام بالكلية وهذا المبلغ لا يكفي لشراء قاموس واحد لكل قسم فضلا عن باقي المراجع والأجهزة التعليمية. تعليقا على إغلاق هذه المراكز يقول الدكتور عبد العظيم المطعني الأستاذ بجامعة الأزهر أن إغلاقها جزء من خطة الحكومة لتفكيك وتصفية جامعة الأزهر حيث تسير هذه الخطة وفقا لعدد من المحاور منها حرمان الجامعة من خطتها في إنشاء كليات جديدة بالمحافظات المحرومة من التعليم الأزهري الجامعي. كذلك رفض ضم العديد من الكليات الأزهرية والتي صدر لها قرار تشغيل من المجلس الأعلى للأزهر ومنها على سبيل المثال ثلاث كليات بمدينة السادات بالمنوفية وهي كلية للدراسات العربية والإسلامية بنين وأخرى بنات وكلية للزراعة والدراسات الصحراوية كذلك رفض ضم فرع جديد بمدينة القرين بالشرقية أقامه الأهالي بالجهود الذاتية وتكلف عشرين مليون جنية كذلك رفض ضم كلية للدعوة الإسلامية ببني عامر بالشرقية. المخطط أيضا يقضي بتخفيض المخصصات المالية لجامعة الأزهر إلى حوالي ثلث مخصصات مثيلتها من الجامعات الأخرى التابعة لوزارة التعليم العالي مشيرا إلى أن إغلاق هذه المراكز هو تصفية للجامعة تمهيدا لضمها إلى وزارة التعليم العالي. ومن جانبه يؤكد الدكتور مصطفى الشكعة عضو مجمع البحوث الإسلامية أن إغلاق هذه المراكز لا يرجع إلى ضعف الميزانية وقلة الموارد والأزهر لديه أوقاف إسلامية ترفض الدولة إعادتها إليه تقدر قيمتها بخمسة مليار جنية لكن الهدف من هذا الإغلاق هو طمس الهوية العربية والإسلامية لجامعة الأزهر وعرقلة دور الجامعة البارز في الحفاظ على التراث الإسلامي مشيرا إلى أن هناك توصيات ودراسات عديدة قررتها لجنة التربية والتعليم بمجمع البحوث الإسلامية بالأزهر الشريف طالبت فيها جامعة الأزهر بتعريب المواد العلمية وترجمة المصطلحات الطبية والهندسية والعلمية إلا أن الجامعة لم تأخذ بهذه التوصيات. مضيفا أن إغلاق مركز تحقيق التراث والمخطوطات الإسلامية والإبقاء على مركز للخصوبة وتنظيم الأسرة ما هو إلا عملية علمنة وأمركة واضحة لجامعة الأزهر وتساءل الدكتور الشكعة إذا تخلف الأزهر الشريف عن القيام بدوره في الحفاظ على التراث الإسلامي والدفاع عن القضايا الإسلامية فمن يقوم بهذا الدور .