أكد رفاعي طه في حوار شامل مع «الحياة»، تمسكَ الحركة الإسلامية بتطبيق الشريعة والحدود الإسلامية «لأن فيها كل الخير للمسلمين». وطرح الاحتكام إلى علماء الأزهر في الخلاف بين الإسلاميين والليبراليين. ورأى طه أن وجود علاقات بين مصر وإسرائيل «أمر غير طبيعي»، داعياً إلى استفتاء شعبي حول هذه العلاقة. وأثنى كثيراً على زعيم تنظيم «القاعدة» السابق أسامة بن لادن، الذي روى أنه تحدث معه عن تنفيذ عملية ضد الولاياتالمتحدة لإجبارها على إطلاق أمير الجماعة عمر عبد الرحمن، وأن بن لادن قَبِل، على ألاّ تستهدف العمليةُ السعوديةَ واليمن. واعتبر طه أن شباب القاعدة مجاهدون، وأن زعيمها الحالي الدكتور أيمن الظواهري يستحق التكريم من الرئيس محمد مرسي والعودة إلى مصر. وقال إن قرار قتل الرئيس الراحل أنور السادات كان صحيحاً، وأن سجن الرئيس المخلوع حسني مبارك أفضل من قتله. وروى طه أن الاستخبارات السورية أوقفته في العام 2001 بعد أن وشت به الاستخبارات الأميركية إثر رصد مكالمة هاتفية أجراها من سورية بزوجته في إيران وأبلغها فيها برقم هاتف للاتصال به عند الضرورة، وبعدها ب 7 ساعات قُبض عليه وسلمته السلطات السورية إلى مصر. وسافر طه إلى أفغانستان أيام الجهاد الأفغاني، وإلى السودان واليمن ودول عدة، وهو من مؤسسي الجماعة الإسلامية، وتولى رئاسة جناحها العسكري ومجلس شوراها لسنوات، حتى أصدرت الجماعة «مراجعاتها» الفكرية، التي رفضها واستقال من رئاسة مجلس الشورى.