أثار ظهور العديد من النقابات المستقلة فى الآونة الأخيرة جدلاً واسعًا بين المهتمين بالعمل النقابى، حيث أعرب البعض عن تأييده لإنشاء مثل هذه النقابات معتبرين أنها السبيل الوحيد لنشر العدالة الاجتماعية والقضاء على الاحتكارية النقابية، فيما رأى آخرون أنها كيانات كرتونية فاشلة ستساهم فى تفتيت العمل النقابى. وقال الدكتور محمد فتحى المسئول الإعلامى بنقابة الصيادلة إن هذه الكيانات ستساهم فى تفتيت العمل النقابى وإهدار حقوق العاملين, مشيرًا إلى أن نقابة الصيدلة قد أعلنت موقفها الرافض لإنشاء نقابة مستقلة للصيادلة من خلال جمعية عمومية شارك فيها معظم صيادلة مصر وتم اتخاذ عدد من القرارات الحاسمة تجاه كل من سيشارك فى النقابة المستقلة وسيتم فصله بشكل نهائى من النقابة. وحذر فتحى من التحدث باسم النقابة العامة للصيادلة، مشيرًا إلى أن أى كيان سينشأ على غرار النقابة الأصلية سيكون هشًا وغير معترف به من قبل الدولة, لافتًا إلى أن النقابة تسعى إلى تطوير خدماتها وآلياتها من أجل حماية أعضائها وتمكينهم من الحصول على كافة حقوقهم, وأن النقابة أنشأت 14لجنة فرعية لاستيعاب كافة الأعضاء فى كل المحافظات وترحب بكل مقترحاتهم وإسهاماتهم للنهوض بالنقابة. واعتبر نقيب الأطباء الدكتور خيرى عبد الدايم أن إنشاء نقابة مستقلة للأطباء لن يتعدى كونه نقابة عملية ذات نطاق محدود خاصة بمجموعة من العاملين بمكان معين تحميهم من بطش إدارتهم وتساعدهم فى الحصول على كل حقوقهم داخل مؤسسة عملهم فقط، مشيرًا إلى أن تهويل البعض للأمر فى وسائل الإعلام ونشرهم إنشاء نقابة مستقلة للأطباء لا يمكن أن يوصف إلا بالأمر العبثى، لأنها ستتخذ إجراءات قانونية حيال الأمر فى حالة تجاوز القائمين على هذه النقابة بأى تجاوزات أو التدخل فى عمل نقابة الأطباء العامة. فيما أكد البدرى فرغلى رئيس النقابة العامة لأصحاب المعاشات أن النقابات المستقلة هى السند الوحيد لعمال مصر، ولابد أن تدعم كل القوى السياسة والثورية هذا الاتجاه من أجل نشر العدالة الاجتماعية وإنهاء سياسة النظام البائد الفاشلة التى أهدرت حقوق العمال وشردتهم، لافتًا إلى أن النقابات المستقلة على مستوى كل المجالات ستساهم بشكل كبير فى إنهاء أزمة الاحتكار النقابى ونهب الكثير للامتيازات النقابية دون أدنى حق وحرمان أصحاب الحق الأصليين منها. وفى السياق نفسه أكد باسم حلقة عضو المكتب التنفيذى للاتحاد المصرى للنقابات المستقلة أن إنشاء النقابات المستقلة يسير وفق شرعية قانونية خاصة، موضحًا أن مصر قد وقعت على الكثير من الاتفاقيات الدولية للسماح بتأسيس النقابات العمالية بحرية كاملة، والتى كان أهمها اتفاقية 87 لسنة 48 والتى وقعت عليها الحكومة المصرية فى جنيف مع منظمة العمل الدولية. وأوضح حلقة أن النقابات المستقلة قد أخذت طريقها الشرعى بالفعل بتأسيس أربع نقابات وهى.. "الضرائب العقارية" و"المعلمين" و"العلوم الصحية" و"المعاشات", مناشدًا الحكومة المصرية بالاستجابة لعمال مصر، وإقرار قانون الحريات النقابية، مشددًا على أن الاتحاد سيظل يناضل لإصدار هذا القانون للدفاع عن العمال ضد الاحتكارية النقابية.