اصدر الرئيس الدكتور محمد مرسي، قرارًا بالعفو عن 55 من سجناء "الجماعة الإسلامية" و"الجهاد" من القيادات الوسطية، الصادر ضدهم أحكام تتراوح بين المؤبد و25 عاما، إلا أن القرار لم يشمل أيًا من القيادات البارزة الشيخ محمد شوقي الإسلامبولي والشيخ رفاعي طه رئيس مجلس شورى "الجماعة الإسلامية" في الخارج أو الشيخ مصطفى حمزة وعثمان سمان، المنتظر صدور قرار عفو حيالهم نهاية شهر رمضان كونهم محالين إلى محاكمة مدنية. وكانت "الجماعة الإسلامية" طالبت الرئيس بضرورة الإسراع بتنفيذ وعوده بإطلاق سجناء "الجماعة" و"الجهاد" فى سجنى العقرب والمنيا، مشددة على أهمية تنفيذ الرئيس لوعده لقيادات الجماعة بإطلاق سراح هؤلاء المعتقلين فى أقرب فرصة ممكنة. واعتبر الدكتور طارق الزمر، عضو مجلس شورى "الجماعة الإسلامية" أن هؤلاء هم أول من رفعوا راية التمرد ضد نظام حسنى مبارك، ومن ثم كان من الواجب إطلاق سراحهم ورفع الظلم عنهم، مشددًا على أهمية أن يصدر الرئيس مرسى قرارًا فوريًا بإطلاقهم، لاسيما أن استمرار اعتقالهم يعد نقطة سوداء فى ثوب الثورة.