اتفق عدد من العسكريين على أن الإعلان الدستورى المكمل قطع الصلة بين الرئيس المنتخب والقوات المسلحة بفرضية أن الرئيس الحالى مدنى والجيش يقع تحت قيادة وزير الدفاع الذين يمثله حالياً المجلس العسكرى، بينما يرى فريق آخر أن كل دساتير العالم نصت على أن الرئيس سواء عسكرياً أو مدنياً هو -منطقياً - القائد الأعلى للقوات المسلحة. قال اللواء محمد بلال الخبير الإستراتيجى والمساعد الأسبق لرئيس أركان الجيش إن رئيس الجمهورية الدكتور محمد مرسى هو القائد الأعلى للقوات المسلحة بموجب جميع الدساتير فى العالم، ولكن السؤال الذى يطرح نفسه هنا، ما مصير منصب وزير الدفاع فى ظل وجود الإعلان الدستورى المكمل والإجابة هنا أنه لن يكون هناك وزير دفاع فى الحكومة الجديدة التى ستشكل بعد حلف اليمين أمام المحكمة الدستورية العليا لحين إقرار الدستور الجديد. وأضاف أن الدستور ليس الأهم لأنه مبادئ عامة وليست قوانين، ولكن المهم هو تشكيل الجمعية التأسيسية والتى لو صدر قرار بحلها سيقوم المجلس العسكرى بتشكيلها والذى يجب أن يحتوى أغلبها على فقهاء وأساتذة فى القانون حتى يتم وضع نصوص قوانين يعمل بها كما حدث فى القانون والذى وضعه 15 فقيهاً دستورياً عكفوا على وضع دستور تركيا. وأكد بلال أنه لا يوجد اختصاص واحد سحب من صلاحيات رئيس الجمهورية بالإعلان الدستورى المكمل سوى استبدال كلمة مجلس الشعب بالمجلس العسكرى وذلك لعدم وجود البرلمان، فبالتالى خولت السلطة التشريعية من البرلمان لعدم وجوده إلى المجلس العسكرى. بينما أوضح اللواء عادل سليمان مدير المركز الدولى للدراسات المستقبلية أن منصب وزير الدفاع يحكمه القانون رقم 12 لسنة 1968 منذ عهد الرئيس الراحل جمال عبد الناصر والذى يقضى بأن القائد الأعلى للقوات المسلحة هو وزير الدفاع. ونفى سليمان أن يكون الإعلان الدستورى المكمل جرد الرئيس من صلاحياته، مؤكداً أنه نص على كل القوانين السارية وأنه لا يتوقع حدوث صدام بين الرئيس المنتخب والمجلس العسكرى. ومن جانبه، قال اللواء جمال مظلوم الخبير الإستراتيجى والعسكرى إن رئيس الجمهورية هو من يعين وزير الدفاع، الذى يقوم بدوره حالياً المجلس الأعلى للقوات المسلحة، لذا لن يكون هناك وزير دفاع، مضيفاً أنه يجب تجنيب رئيس الجمهورية عن إدارة المؤسسة العسكرية حتى لا ينخرط عمل المؤسسة فى السياسية، وتنحاز إلى تيار بعينه، وطبقاً ل"المكمل" فإن مرسى ليس هو القائد الأعلى للقوات المسلحة.