لم يسلم أحدٌ من المرشحين المحتملين للرئاسة المقبلة، من عقبات عدة قد تلقي بهم خارج السباق الرئاسي, على رأسها اتهامهم من قبل الإعلام الموالي للسلطة الحالية بتلقي الدعم من جماعة "الإخوان المسلمين, وهي التهمة التي أصبح يواجه جميع المرشحين بلا استثناء، الأمر الذي نفوه بشدة، قائلين إنه لا علاقة لهم بالمرة بالجماعة التي صنفتها الحكومة "إرهابية"، ويخضع قياداتها والآلاف من أعضائها للاحتجاز بالسجون. أحمد شفيق الفريق أحمد شفيق كان أبرز هؤلاء الذين لاحقتهم تهم التحالف مع جماعة "الإخوان"؛ حتى قبل إعلان عزمه خوض الانتخابات الرئاسية المقبلة في أواخر الشهر الماضي من دولة الإمارات؛ حتى وصف البعض تحالفه مع الإخوان ب"تحالف الشيطان". فى الوقت الذي نفى فيه حزب "الحركة الوطنية"، الذي يتزعمه شفيق أي تعاون أو تحالف مع "الإخوان", وقال في بيان: "إن ما بيننا والإخوان ليس مجرد خلاف سياسي، ولا يعلم حجم العداء المكنون في ذات كل إخوانيّ ضد الفريق وأنصاره، ولا يعلم أن ساحات المحاكم كان بها عشرات القضايا المرفوعة من الجماعة ضد الفريق". خالد علي لم يسلم أيضًا المحامي خالد علي من هجوم بعض المنابر الإعلامية عليه, مع إعلانه في مؤتمر صحفي بمقر حزب "الدستور"، خوضه السباق الرئاسي المقبل. إذ وصفه إعلاميون موالون للسلطة بأنه "مرشح الإخوان"، زاعمين أنه التقى قيادات إخوانية؛ للحصول على دعمه فى الانتخابات من جميع القواعد الإخوانية، مقابل منح عناصر الجماعة المحبوسين الآن عفوًا رئاسيًا. وعلى الرغم من أن جماعة "الإخوان" حتى الآن لم تعلن موقفها بشكل رسمي من ترشح “خالد علي”، غير أن بعض قياداتها كشف عن نيتها عدم المشاركة. سامي عنان على الرغم من أن رئيس أركان حرب القوات المسلحة الأسبق لم يعلن ترشحه بشكل رسمي حتى الآن, إلا أن الحديث عن تحالفه مع "الإخوان" طاله أيضًا؛ حيث جري الحديث عن أن الجماعة التي ترفض التحالف معه عنان الآن، ستتحالف معه بشكل واضح أثناء الانتخابات, وسط اتهامات له من قبل إعلاميين بأنه من أكثر المتعاطفين مع الإخوان. غير أن حزب "مصر العروبة" الذي يترأسه عنان نفي وجود أي قنوات اتصال مع الإخوان, وقال إن الحزب يدعو إلى مصالحة وطنية شاملة تضم كل الفرقاء في مصر. سامح عيد، الباحث في الحركات الإسلامية قال إن "جماعة الإخوان أصبحت فزّاعة يتم استخدامها ضد أي شخصية سياسية معارضة للسلطة، أو أي شخصية تريد الترشح للرئاسة, إلا أنه أوضح أن "الجماعة تخلت عن فكرة دعم مرشح أو حتى المشاركة في الانتخابات". وأضاف عيد في تصريحات إلى "المصريون": "الإخوان تعتبر مشاركتها في أي انتخابات يعنى أن عزل الرئيس الأسبق محمد مرسي كان مطلبًا شعبيًا واعترافًا بشرعية الرئيس عبدالفتاح السيسي, الأمر الذي ترفضه الجماعة نهائيًا". وأشار إلى أن "جماعة الإخوان ليس لديها أموال لدعم مرشح, كما أنها تتلقى أموالاً خارجية شأنها شأن أي جماعة, ومن حق أي مرشح أن يمول حملته الانتخابية من الشعب ورجال الأعمال وغيرهم من أطياف المجتمع". وأكد عيد أن "موقف الإخوان من دعم أي مرشح لن يحسم إلا بعد انتهاء الانتخابات, وأن أي رئيس سيأتى خلفًا للسيسي سيقوم بعمل مصالحة وطنية مع عناصر جماعة الإخوان؛ شريطة عدم المشاركة في أعمال إجرامية أو أعمال نالت من أمن الوطن, على غرار ناصر والسادات". ولفت إلى أن "الإخوان لا تريد التخلي عن المشهد السياسي نهائيًا, وأن عودتها إلى المشهد السداسي لن تقتصر فقط على الدعوة, إنما تريد العودة على أنها ليست جماعة إرهابية ومحظورة, وتتعايش في المجتمع". من جهته, قال الدكتور سعيد صادق، أستاذ العلوم السياسية بالجامعة الأمريكية, إن "المرشح الرئاسي يحتاج إلى دعم وتأييد دولي أكثر, خاصة من الدول التي لها مصالح مشتركة مع مصر". وأضاف ل "المصريون": "تشويه أي شخصية في الوقت الحالي يعتمد على إلصاق جماعة الإخوان به", مستبعدًا عقد مصالحة بين "الإخوان" وأي رئيس يأتي خلفًا للرئيس السيسي. وأشار إلى أن "المصالحة مع الإخوان يعني التحقيق في كل الأحداث الدامية التي جرت في السنوات الماضية", لافتًا إلى أن "أي مرشح سيستخدم الجماعة في إطار محاولته الحصول على أصوات أعضائها فقط".