أثار مشروع قانون الهيئة الوطنية للانتخابات المقدم من قبل الحكومة، جدلاً وانقسامًا، وخاصة فيما يتعلق باستبعاد الإشراف القضائي على الانتخابات بالتزامن مع اقتراب انتخابات المحليات والانتخابات الرئاسية، فيما اعتبره نواب تفريغًا للمفهوم الإشراف القضائي على الانتخابات وجعله بديلاً عنه. النائب مصطفى كمال الدين حسين عضو لجنة حقوق الإنسان بمجلس النواب قال إن موافقة اللجنة التشريعية بالمجلس على مشروع قانون الهيئة الوطنية للانتخابات هو إلغاء للإشراف القضائي الانتخابات، واصفًا ذلك ب "الكارثة"، معربًا عن قلقه الشديد من اتجاه من الدولة في تسيير انتخابات المحليات، وتهميش دور نواب المجلس. ويعد البند السابع من المادة الثالثة من مشروع القانون هو محور الأزمة حيث يحدد اختصاصات الهيئة الوطنية، وهو البند الذي ينص على قيام الهيئة بندب الأعضاء إلى إدارة عملية الاقتراع والفرز في الاستفتاءات والانتخابات. والأصل أن تستعين الهيئة بالعاملين المدنيين بالدولة في عملية الفرز والاقتراع، ويجوز الاستعانة بأعضاء الجهات القضائية؛ حيث كان نص المادة كما في مشروع الحكومة: "تقوم الهيئة بندب الأعضاء لإدارة عملية الاقتراع والفرز في الاستفتاء والانتخاب من بين العاملين المدنيين في الدولة وغيرهم على أن يتوافر فيهم ذات الشروط الواجب توافرها في العاملين بالجهاز، ويجوز لها أن تستعين بأعضاء من الهيئات القضائية بعد موافقة المجالس الخاصة لكل منها". وقال البدري فرغلي، النائب البرلماني السابق ورئيس اتحاد أصحاب المعاشات، إن تطبيق قانون الهيئة الوطنية للانتخابات في الفترة القادمة سيجعلنا نعيش أيام انتخابات 2010 التي أجريت في عهد مبارك والتي أعلنت نتيجتها قبل أن يذهب الناخب إلى صناديق الانتخاب. وأضاف ل "المصريون": "مشروع القانون ذو طابع سياسي، ويجب أن يطرح للرأي العام، والحديث عن أن هناك قوانين من أعمال السيادة كلام فارغ"، مؤكدًا أن السيادة للشعب وليس لأحد غيره. وتساءل عن أسباب عدم طرح هذه القوانين ذات الطابع السياسي، معتبرًا أن مشروع القانون هو محاولة للسيطرة من قبل السلطة على كل شيء في البلاد. وتابع: "المسئولون في الفترة الحالية يعتبرون أن أي قرار أو قانون يتم إصدار يحسبوه نجاح وهذه هي المشكلة الكبرى، لأن أي قانون أو قرار يتم إصداره هو في الأصل ليخدم السلطة الحالية بشكل أو بآخر". وأعرب النائب كمال أحمد عضو لجنة الشئون الدستورية والتشريعية عن رفضه لمشروع قانون الهيئة الوطنية للانتخابات، وخاصة المادة 16 التي تحدد طريقة تعيين المدير التنفيذي للهيئة العليا للانتخابات والمجلس التنفيذي . واستقال النائب من لجنة الشئون الدستورية قائلاً: "إحنا مش طرابيش، واللجنة لا تُدار بطريقة ديمقراطية، وأطالب أمانة اللجنة بتسجيلها في المحضر". وجاء مشروع قانون الهيئة الوطنية للانتخابات الجديد في 37 مادة موزعة على 8 فصول، وتضمن الفصل الأول من المشروع بعض التعريفات، ووضع الفصل الثاني إنشاء الهيئة وتحديد اختصاصاتها وتحدث الفصل الثالث عن تشكيل مجلس إدارة الهيئة الوطنية للانتخابات واختصاصاته ومدته التي حددها مشروع القانون ب6 سنوات غير قابلة للتجديد. وتحدث مشروع القانون في الفصل الرابع منه عن الجهاز التنفيذي للهيئة وتشكيله واختصاصاته، ووضع الفصل الخامس من مشروع القانون آليات إدارة عملية الاقتراع والفرز، واستعرض الفصل السادس واجبات وحقوق وضمانات العاملين بالهيئة وجزاءات مخالفة العاملين لالتزاماتهم وواجباتهم. واستعرض الفصل السابع من مشروع قانون الهيئة الوطنية للانتخابات الشئون المالية والإدارية للهيئة ومواردها مما تخصصه لها الدولة في الموازنة العامة وأي موارد أخرى يرى المجلس إدراجها ضمن موارده، وتحدث الفصل الثامن والأخير من مشروع القانون عن أيلولة أموال لجنة الانتخابات الرئاسية واللجنة العليا للانتخابات للهيئة الوطنية للانتخابات.