أثار خوض منصور حسن، معركة الانتخابات الرئاسية، انقسامًا بين الأقباط، ففي الوقت الذي أعرب مفكرون وناشطون أقباط عن تأييدهم له، رفض آخرون تقديمه باعتباره "مرشحًا توافقيًا"، لكون ذلك يتنافى مع مفهوم الديمقراطية، إلا أنهم أجمعوا على أن كلمة الفصل دائمًا لصناديق الانتخابات التى ستحدد شخص الرئيس القادم. بينما قال مفكرون أقباط إن الكنيسة تفاضل الآن بين الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح والدكتور منصور حسن، لدعم أى منهما فى الانتخابات الرئاسية، مشيرين إلى أن الأقباط يسعون إلى اختيار مرشح ذى خلفية مدنية يرعى حقوق الأقليات. وكشف أكرم لمعى، أستاذ اللاهوت الإنجيلية عن وجود اتصالات مكثفة بين كل الطوائف القبطية للاستقرار على مرشح رئاسى يدعمه الأقباط، مؤكداً أن هناك مفاضلة بين منصور حسن والدكتور عبد المنعم أبو الفتوح المرشحين لرئاسة الجمهورية ولم يتم الاستقرار النهائى على أى منهما. وأوضح لمعى أن الأقباط يسعون إلى انتخاب رئيس ذات خلفية مدنية وليست إسلامية، وذلك من منطلق ترسيخ الدولة المدنية التى تكفل كل الحقوق لكل التيارات والفئات. واتفق معه فى الرأى، رمسيس النجار، محامى الكنيسة، الذى أكد على إصرار الأقباط على اختيار مرشح رئاسى تدعمه الكنيسة، وخاصة بعد التصريحات الأخيرة لها بأن الأقباط نضجوا سياسيًا، ولابد من المشاركة فى اختيار رئيس لهم، مشيرًا إلى أن الكنيسة لم تستقر على مرشح حتى الآن، ولكن هناك اختلاف على ترجيح كفة الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح بعد حصوله 40 % من نسبة تأييد الأقباط وإن كانت هناك اتجاهات لدعم عمرو موسى أو منصور حسن. واستبعد النجار اتجاه الكنيسة إلى الدفع بمرشح قبطى فى الانتخابات الرئاسية، لافتًا إلى أن هدفهم الأساسى هو اختيار مرشح يرعى الحريات الدينية وحقوق الأقليات. من جهته، قال جمال أسعد، الكاتب والمفكر، إن ترشح منصور حسن للرئاسة، له أهمية خاصة لعدة أسباب، منها أنه أعلن الترشح فى وقت متأخر، كما أن هناك توافقا بينه وبين المجلس العسكرى بصفته رئيس المجلس الاستشارى، فضلاً عن رفضه الاستقالة بعد أحداث محمد محمود ومجلس الوزراء وتمسك برئاسته للمجلس الذى استقال منه الكثير من الشخصيات اعتراضًا على سياسات العسكرى. وأضاف أن الجانب الآخر من الأمر، هو طرح فكرة الرئيس التوافقى، فقد كان حسن دءوبًا على تأييد حزب الوفد له كمرشح بدلاً من عمرو موسى، وكذلك تأييد الإخوان له واتفاقهم عليه، وكل ذلك يثبت ما يسمى بالمرشح التوافقى. ووصف فكرة "الرئيس التوافقى"، بأنها فكرة معوقة فى بداية طريق الديمقراطية ووصاية على حرية المصريين، خاصة فى الظروف التى تعيش فيها مصر الآن، وأن على الفصيل السياسى الحق فى اختيار مرشح معين. وأشار إلى أن وجهة نظره الشخصية فى تأييد حسن، هى أن له قبول فى الشارع كأحد مرشحى السباق الرئاسى، كما أنه سوف يستغل قربه وعلاقته الوطيدة بالعسكرى للإسراع فى كسب تأييد الأحزاب والمستقلين له، خاصة فى تلك الفترة. وأوضح أنه إذا لم يكن هناك توافقات بين كل الفصائل لغابت الديمقراطية، فعلى سبيل المثال إذا كان للتيار الإسلامى مرشحًا وللتيارات الليبرالية والاشتراكية مرشحًا وللائتلافات الأخرى مرشح ورأى الشارع مرشح آخر، تصبح كل الأحداث التى نراها ما هى إلا تمثيلية هزلية.