أزمة جديدة بين مؤسسة الأزهر الشريف ووزارة الثقافة خلال الفترة الحالية بعد أن هاجم الدكتور جابر عصفور، وزير الثقافة السابق، مؤسسة الأزهر؛ بدعوى أنها تنشر الفكر المتطرف، وأنها غير مواكبة للعصر. لم تكن هذه هى المرة الأولى التي يهاجم فيها وزير الثقافة، مؤسسة الأزهر بل انتقد وزير الثقافة الحالي حلمي نمنم مناهج الأزهر، حيث قال إن المجتمع المصري يجب أن يتحلى بالشجاعة ومواجهة ظاهرة العنف، حيث يعاني من قصور في النواحي الثقافية والتعليمية، يرجع إلى عدة أسباب منها توغل التعليم الأزهري في مصر. وبدوره قال الدكتور عبد الفتاح عبد الغني العواري، عميد كلية أصول الدين جامعة الأزهر، إن هذه الدعوات التي يطلقها بعض الأشخاص ضد مناهج مؤسسة الأزهر ما هي إلا دعوات موتورة؛ لأن مناهج الأزهر الشريف هي عينها التي تربى عليها كبار الوطنيين مثل "محمد كريم، محمد عبده، رفاعة الطهطاوي"، الذين حرروا الأوطان من الاستعمار، والدفاع عن الوطن. وأضاف العواري ل"المصريون"، أن هؤلاء الرموز والشخصيات الوطنية استقوا معارفهم من مناهج الأزهر الشريف التي تمثل وسطية الإسلام الحنيف، لافتًا إلى أن الجماعات المتشددة والمتطرفة التي تمارس العنف والتطرف لم ولن يكون منها خريجو الأزهر الشريف كما يدعي البعض، ويكون أصحابها من خريجي "العلوم، الطب، الهندسة"، وأن مثل هذه الدعوات كلام فارغ لا قيمة له عند العقلاء والواقع والتاريخ يكذب هذه الدعوات الهدامة. وتابع: أن مناهج الأزهر الشريف تمثل وسطية الدين الإسلامي وهي طوق النجاة للبشرية كلها وادعاءات هؤلاء الأشخاص، بأن مناهج الأزهر تساعد على نشر التطرف هي شخصيات مأجورة، وأصحابها لو كانوا وطنيين بحق كان عليهم دعم مؤسسة الأزهر الشريف العريقة التي هى من أخلص مؤسسات الدولة - على حد قوله. وأوضح عميد كلية أصول الدين، أن هؤلاء الأشخاص الذين يمثلون العلمانية الفجة، ويعبرون عما تموج به قلوبهم من كراهية للدين وكراهية لكل ما يتصل به من مؤسسات - على حد قوله. وكان الدكتور جابر عصفور، وزير الثقافة السابق، هاجم مؤسسة الأزهر، قائلًا إن "مناهجه الدراسية وسيلة لنشر الفكر المتطرف، ومستحيل أن تكون مناهج الأزهر مواكبة للعصر، فتلك المناهج تخلق نوعًا من العنف والتطرف، وطائفة من المتعلمين الأزهريين يميلون للتعصب، وتلك أول درجة في السلم الذي ينتهي بداعش".