اشتعلت الخلافات بين أعضاء الحكومة الجديدة ، وذلك بعد أقل من أسبوع من أداء الوزراء لليمين الدستوية أمام الرئيس مبارك ، حيث كشفت مصادر مطلعة عن وجود صراع محموم بين المهندس رشيد محمد رشيد وزير الصناعة والتجارة الخارجية والدكتور علي مصيلحي وزير التضامن الاجتماعي بسبب الصراع على تركة وزارة التموين حيث يرغب رشيد في السيطرة عليها بعد أن ضم قطاع التجارة الداخلية إلى وزارة الصناعة والتجارة . وفي المقابل ، يسعى مصيلحي إلى استمرار قطاع التموين داخل وزارته خصوصا أن ترك هذا القطاع لرشيد سيجعل وزارة التضمان الاجتماعي التي يشغلها غير ذي جدوى بعد أن تم انتزاع قطاع التأمينات الاجتماعية وضمه إلى وزارة المالية ، الأمر الذي يسهل لوزيرها د. بطرس غالي استغلال أموال التأمينات لسد العجز المزمن في الميزانية. وأرجعت مصادر اشتعال الصراع بين رشيد ومصيلحي لعدم اشتمال القرار الجمهوري بتشكيل الوزارة على اختصاصات كل وزير ومجالات عمله خصوصا أن مسألة الدمج كانت مفاجئة ولم تصدر عبر دراسات ، وأن هدف الدمج الوحيد كان تقليل عدد الوزراء انسجاما مع سياسات ضبط الإنفاق التي يتبنها الدكتور نظيف متوقعة أن تشتعل أزمات كهذه في المرحلة القادمة. وكشفت المصادر أن الدكتور نظيف فشل حتى الآن في التوصل إلى حل لهذه المشكلة ، وأبلغ الطرفين بضرورة انتظار رد من رئاسة الجمهورية بتحديد تبعية قطاع التموين لأي وزارة ، رافضا حسم المسألة لصالح الدكتور مصيلحي حتى لا تخرج اتهامات بمجاملته بسبب الصلات التي تجمعهم حيث شغل مصيلحي في السابق منصب مستشار للوزير في قطاع الاتصالات. ولم تقف الخلافات عند هذا الحد بل أن هناك أزمة أخرى اندلعت بين الدكتور محمد صفي الدين خربوش رئيس المجلس القومي للشباب والمهندس حسن صقر رئيس المجلس القومي للرياضة حول السيطرة على تركة الدكتور ممدوح البلتاجي وزير الشباب والرياضة من مكتب وسيارات وطواقم سكرتارية . وشهد مقر وزارة الشباب مشادة عنيفة بين الطرفين حيث زعم الاثنان أن لديهم تعليمات باستخدام مكتب الوزير ولم يصل الطرفان إلى حل واتفقا على رفع الأمر لرئيس الوزراء. جدير بالذكر أن أزمات مشابهة لهذه الأزمة قد اشتعلت في السابق وكان أشهرها الصراع بين وزير النقل السابق عصام شرف ووزير الاتصالات طارق كامل بسبب تبعية الهيئة القومية للبريد لأي من الوزارتين قبل أن يحسمها قرار جمهوري بإبقائها تابعة لوزارة الاتصالات.