تتلقى هيئة النيابة الإدارية الشكاوى من خلال وحدة الشكاوى المركزية بالهيئة، والمستوحاة من نظام مفوض الدولة المعمول به في بعض الدول الأوروبية، حيث تتيح لأعضائها عدم الالتزام بالضوابط الشكلية في التحقيقات المعتادة، وتعطى مرونة في إنهاء المنازعات فور حدوثها بين المواطنين والجهات الإدارية والعمل على إزالة أسباب الشكوى بشكل فوري وفعال. حيث تمثل النيابة الإدارية منظومة متكاملة لمكافحة الفساد عبر توعية شاملة تقوم بها وسائل الإعلام على اختلافها المقروءة والمرئية والمسموعة، ويستطيع المواطنون التواصل مع النيابة الإدارية والإبلاغ عن أي مخالفة أو واقعة فساد مالي أو إداري أو سوء معاملة من أحد الموظفين العموميين، وإرسال الشكاوى عن طريق الخط الساخن 16117 أو البريد الإلكتروني الرسمي [email protected]، الصفحة الرسمية للنيابة الإدارية على موقع التواصل الاجتماعي فيس بوك (Facebook) أو بأي وسيلة أخرى. ومن الجدير بالذكر أن هيئة النيابة الإدارية تضطلع بأعباء رسالتها السامية لتحقيق العدالة، وتضع نصب أعينها التيسير على جمهور المواطنين فيما يتعلق بالإجراءات الإدارية وما يكتنفها من عقبات تحول دون حصول الجمهور على الخدمات التي يطلبها من الأجهزة الحكومية على اختلافها، بجانب دورها الكبير في كشف واقعات الفساد عبر ممارسة المواطن حقه الدستوري في الشكوى ودوره الإيجابي في كشف الفساد والإبلاغ عنه للجهات المختصة وعلى رأسها النيابة الإدارية.