أثار قرار الدكتور محمد مختار جمعة، وزير الأوقاف، بإلغاء تراخيص المعاهد الدعوية، غير التابعة للوزارة، أزمة داخل الدعوة السلفية، حيث يتبع لها العديد من المعاهد، والتي سيتم إغلاقها بناء على هذا القرار، منها معاهد الفرقان ومعاهد جمعيات دعوة الحق وأنصار السنة المحمدية. وهاجم قيادات الدعوة السلفية، قرار الوزير بإغلاق المعاهد، بأنه محاولة للهيمنة على معاهد الدعوة، وهو ما سيعود بالسلب على مصادر الدخل والعمل الدعوية. وقال مصدر ل"البوابة نيوز"، اليوم الخميس: إن مثل هذا القرار، يتسبب في إغلاق منازل الكثير من العاملين بتلك المعاهد، وفي حال تطبيقه سيتم اللجوء إلى المساجد التابعة للدعوة، ومنازل "الأخوة" ومباشرة دروس العلم، وهو ما يحدث في القرى الريفية. ولفت المصدر، إلى أن إغلاق تلك المعاهد لن يجدى في تجديد الخطاب الديني، فتلك المعاهد كانت منبرًا للإسلام الوسطي، فالوقت الحالي لا يحتاج إلى الخلافات، وعلى وزارة الأوقاف مراجعة هذه القرار لما يترتب عليه من سلبيات. من جانبه، استنكر الشيخ "عادل نصر"، المتحدث باسم الدعوة السلفية، تصريحات وزير الأوقاف حول إغلاق معاهد إعداد الدعوة السلفية الخاصة بتعليم علوم الشريعة والإسلام للشباب، مضيفًا أن الدعوة السلفية حائط صد أمام الأفكار التكفيرية المتطرفة التي يبثها الكثيرون من أعضاء التنظيمات كتنظيم داعش وغيره، مؤكدًا أن هذه المعاهد تمثل أحد أهم مصادر الدخل بعد اشتراكات الأعضاء. ووافقه في الرأي الشيخ "على حاتم" القيادي بالدعوة السلفية، الذي أكد أن وزارة الأوقاف لم تستطع حتى الآن منع خطباء اعتصام ميدان "رابعة" من صعود المنابر وإلقاء الخطب التي تحث الناس على استخدام العنف ضد الدولة، ولكنه يمنع خطباء الدعوة السلفية الذين يمثلون حصن أمام لمصر ضد الأفكار التكفيرية. وأكد "حاتم" أن مناهج المعاهد لا يشوبها أي أفكار تكفيرية، فهي تدرس مناهج السنة، وقراءة القرآن والأحاديث النبوية المؤكدة. كانت وزارة الأوقاف قررت، منذ أيام، ضم جميع معاهد الثقافة الإسلامية، ومعاهد إعداد الدعاة التابعة للجمعيات أو الجماعات الدينية، لإشرافها، بداية من العام الدراسي القادم، لأن مواجهة التشدد والغلو، هي جزء لا يتجزأ من الحرب على الإرهاب.