اشتعلت المواجهة بين قيادات جماعة الإخوان والجماعة الإسلامية، وظهر ذلك بين حمزة زوبع القيادي الإخوانى، وبين قيادات الجماعة الإسلامية، وذلك بعد الهجوم زوبع على الدكتور ناجح إبراهيم، ووصف منهج الجماعة الإسلامية بالتكفيري، وتوقعت القيادات الجماعة الإسلامية أن سبب هجوم زوبع على الجماعة الإسلامية يرجع إلى أن الجماعة بدأت في الانسحاب من ما يسمى بتحالف دعم الشرعية، وكانت الجماعة شريك أساسي منذ ثورة 30 يونيو. كانت بداية تبادل الهجوم بين الجماعة وزوبع بعد تصريحاته على إحدى القنوات الإخوانية التابعة للجماعة قائلا: "إن الجماعة الإسلامية والدعوة السلفية تتبنيان الفكر التكفيري، مشيرًا إلى أن دخول الإخوان للسجون وتركهم للمنابر بسبب الجماعات الإسلامية المتمثلة في الجماعة الإسلامية والدعوة السلفية".