قالت الناشطة الحقوقية داليا زيادة مدير المركز المصري للدراسات الديمقراطية الحرة، والمدير التنفيذي السابق لمركز بن خلدون للدراسات، أن أصحاب مراكز المجتمع المدني كانوا يستخدمون مراكزهم لتصفية حساباتهم مع المعارضين لهم. ولفتت زيادة إلى أن رئيس مركز ابن خلدون قام بزيارة لقطر والشيخة موزة في توقيت غريب جدا، ومن بعدها تحول في منهجه وعاد شخص مختلف تماما. وأضافت "زيادة"، خلال لقائها ببرنامج "بالورقة والقلم"، المذاع على فضائية "التحرير"، أن سعد الدين إبراهيم بعدما عاد تغير موقفه من اعتبار جماعة الإخوان منظمة إرهابية وبدأ في الدفاع عنها، مشيرة إلى أنه سعدالدين إبراهيم كان يريد أن يقوم بمبادرة للمصالحة مع قطر وسط اعتراضات كبيرة من الشباب العاملين بالمركز. وتابعت "زيادة"، أن مركز ابن خلدون لن يشرف على الانتخابات البرلمانية القادمة؛ لأنه ليس مسجل كمنظمة حقوقية وإنما شركة خاصة.