أكد الجهاز المركزي للمحاسبات وجود ثغرات وقصور في نظام المراجعة والرقابة الداخلية بهيئة السلع التموينية، وأوضح مندوب الجهاز خلال مناقشة لجنة الخطة والموازنة بمجلس الشعب للحساب الختامي للهيئة للعام المالي 2008 2009 ان الايرادات الجارية للهيئة لا تتسم بالواقعية، كما تلاحظ زيادة الفوائد المسددة لبنك الاستثمار القومي وزيادة الاعانات التي حصلت عليها الهيئة بنسبة 82% عن الربط الاصلي المعتمد في الموازنة. كما سجلت الهيئة عجزا كليا في موازنتها قدره 26.8 مليار جنيه، الأمر الذي اقتضي منحها إعانة بلغت حوالي 20.6 مليار جنيه، بالاضافة إلي تمويل الجزء الباقي من هذا العجز من خلال القروض والتسهيلات وزيادة الدائنين والارصدة الدائنة بقيمة 6.1 مليار جنيه. وارتفعت الخسائر من 9.1 مليار جنيه عام 2004 2005 إلي نحو 5.20 مليار جنيه عام 2008 2009 وتم تغطية الخسارة من خلال زيادة الاعانة التي تحصل عليها هيئة السلع التموينية من الموازنة العامة للدولة والتي زادت بنسبة 126.1% بين عامي 2004 ،2005 و2008 2009. وكشف الحساب الختامي للهيئة عن زيادة قيمة دعم السلع التموينية باكثر من 120% خلال السنوات الثلاث الاخيرة، حيث ان قيمة هذا الدعم لم تتجاوز ال 9.4 مليار جنيه في عام 2006 2007.