أكد الجهاز المركزي للمحاسبات وجود ثغرات وقصور في نظام المراجعة والرقابة الداخلية بهيئة السلع التموينية، وذلك خلال مناقشة لجنة الخطة والموازنة بمجلس الشعب للحساب الختامي للهيئة للعام المالي 2008/2009. وأوضح مندوب الجهاز أن الإيرادات الجارية للهيئة لا تتسم بالواقعية، كما تلاحظ زيادة الفوائد المسددة لبنك الاستثمار القومي وزيادة الإعانات التي حصلت عليها الهيئة بنسبة 82% عن الربط الأصلي المعتمد في الموازنة. كما سجلت الهيئة عجزا كليا في موازنتها قدره 26.8 مليار جنيه الأمر الذي اقتضى منحها إعانة بلغت حوالي 20.6 مليار جنيه بالإضافة إلى تمويل الجزاء الباقي من هذا العجز من خلال القروض والتسهيلات وزيادة الدائنين والأرصدة الدائنة بقيمة 6.1مليار جنيه. وارتفعت الخسائر من 9.1 مليار جنيه عام 2004/2005 إلى نحو 20.5 مليار جنيه عام 2008/2009 وتم تغطية الخسائر من خلال زيادة الإعانة التي تحصل عليها هيئة السلع التموينية من الموازنة العامة للدولة والتي زادت بنسبة 126.1% بين عامي 2004/2005 و2008/2009. وكشف الحساب الختامي للهيئة زيادة قيمة دعم السلع التموينية بأكثر من 120% خلال السنوات الثلاث الأخيرة، حيث أن قيمة هذا الدعم لم تتجاوز 9.4 مليار جنيه في عام 2006/2007 وترجع الطفرة في مخصصات دعم السلع التموينية إلى عدم عوامل أهمها زيادة حصة الدقيق المدعوم المخصصة للمحافظات وفتح الباب لضم 15 مليون مواطن على بطاقات التموين وتحويل بطاقات الدعم الجزئي إلى دعم كلي ومضاعفة كميات السلع التموينية الإضافية التي يحصل عليها الفرد والمساواة بين سكان الريف والحضر في نصيب الفرد من الزيت.