دخلت الشركة القابضة للنقل البحري معركة قضائية مع هيئة ميناء الاسكندرية التي طالبت الشركة بمبلغ 6.927.269 مليون جنيه أي ما يقارب 7 ملايين جنيه مقابل الانتفاع بالأراضي المملوكة للهيئة. اعترضت الشركة القابضة علي المبلغ وأقامت دعوي امام محكمة القضاء الاداري بالاسكندرية طلبت فيها براءة ذمتها من هذا المبلغ لأن الذي كان يستغل هذه المساحة هي الشركة العربية لاصلاح وبناء السفن. وقالت الشركة في الدعوي انه توجد مبالغ زائدة حيث ان مقابل الانتفاع كان 2.474.342 مليون جنيه وليس 7 ملايين جنيه كما تطالب الهيئة. كانت الشركة بناء علي موافقة مجلس إدارة الميناء عام 1991 تدفع 4 جنيهات عن كل متر مبان وجنيهين عن كل متر من الأرض الفضاء والساحات داخل سور الميناء. ولكن مجلس ادارة الميناء قرر رفع اسعار مقابل الانتفاع بنسبة 50% ليصل الي 6 جنيهات للمتر ارض فضاء و15 جنيها للمتر المباني وقرر الميناء تطبيق هذا القرار بأثر رجعي وهو ما دفع الشركة لاقامة الدعوي. وكانت الشركة العربية لاصلاح السفن قد استأجرت مساحة 3463 مترا داخل الميناء عبارة عن ورشة تصنيع اقامتها الشركة بمقتضي عقد ايجار وقررت المحكمة امام هذه الأزمة ندب خبير من وزارة العدل لاعداد تقرير بعد المعاينة علي الطبيعة وبيان ما إذا كانت المبالغ التي تطالب بها هيئة الميناء تستند إلي اسس حسابية صحيحة أم لا؟