بعد موافقة مجلس الوزراء علي مشروع قانون دور العبادة الموحد ومن ثم طرحه للنقاش العام بين الجهات المختصة متضمنا ست مواد، اولا أن يفوض المحافظون، كل في نطاق محافظته، في مباشرة الاختصاص بالترخيص ببناء دور العبادة، ثانيا اشترط ألا تقل المسافة بين المكان المطلوب بناء دور العبادة فيه وبين أقرب دور عبادة مماثل وقائم بالفعل عن ألف متر بالاضافة الي ألا تقل مساحة بناء دور العبادة عن ألف متر مربع، ثالثا التزام المحافظين بإصدار القرارات الإدارية المنظمة لكيفية تلقي طلبات الترخيص ببناء دور العبادة أو تدعيمها أو ترميمها أو توسيعها أو إحلالها وتجديدها، والإجراءات اللازمة لفحصها. رابعا أن تقدم طلبات ترميم أو تدعيم أو توسعة أو إحلال وتجديد دور العبادة أو تعديلها من الجهة المشرفة علي الدور أو مسئولي الطائفة الدينية المختصة، خامسا عدم الإخلال بأي عقوبة أشد في قانون العقوبات أو في أي قانون آخر يعاقب بالحبس مدة لا تقل عن سنتين ولا تجاوز خمس سنوات، وبغرامة لا تقل عن مائة ألف جنيه، ولا تجاوز ثلاثمائة ألف جنيه، كل من أقام أو هدم دور عبادة أو أجري تعديلا بها أو جددها أو وسعها أو رممها بالمخالفة لأحكام هذا المرسوم بقانون، سادسا واخيرا إلغاء رئيس الجمهورية رقم 391 لسنة 2005، كما يلغي كل حكم يخالف أحكام هذا المرسوم بقانون. موقف الكنيسة الارثوذكسية ومن ثم أصدر الأنبا «موسي» أسقف عام الشباب بالكنيسة القبطية الأرثوذكسية، بيانًا حول قواعد وشروط بناء دور العبادة طبقا لمواد هذا القانون، والذي اقترح -القانون- تفويض الوحدة المحلية في مباشرة الاختصاص بالترخيص، وفي حالة الرفض يختص المحافظ بالفصل في الطلب الخاص بالبنود المذكورة، وأن تكون الاشتراطات البنائية ثابتة ومتَّفق عليها، ولا تتغير بحسب توقيت الترخيص، وأن تكون مرفقة كلائحة تنفيذية للقانون الصادر خلال المدة المذكورة المنوه عنها، مقترحًا أن يكون الرد علي الطلب خلال شهرين بدلا من ثلاثة أشهر، وأن يصدر قرار البناء أو التعديل من الوحدة المحلية المختصة.ويري موسي أن تبديل عبارة "هدمها أو إحلالها" بعبارة "هدمها وإحلالها"، حتي لا تبرِّر هدم دور العبادة، امرا مثير للفتنة الطائفية، وألا تستوجب عمليات الترميم والتجديد (كالدهانات مثلاً). مضيفا إن البند الثاني من المادة الثانية لم يحدِّد العدد الذي من خلاله سيصدر الترخيص، وأسلوب إثباته، مشيرًا إلي أن تحديد العدد يتعارض مع نص الدستور في حرية العقيدة وحرية ممارسة الشعائر الدينية، مقترحًا إلغاء هذه الفقرة لتعارضها مع الحق الدستوري في ممارسة كل مواطن لشعائره الدينية، خاصة أن بيان "الطائفة" غير مدرج بالبطاقة الشخصية، وطالب بإضافة عبارة "وذات الطائفة" إلي البند الثالث من المادة الثانية والذي يقول "ألا تقل الألف متر مسافة بين المكان المطلوب إنشاء دار عبادة فيه وبين أقرب دار عبادة مماثل من ذات الديانة"، وإلغاء البند الخامس من المادة الثانية حتي لا يستخدم ذريعة لإيقاف البناء وأن يترك الأمر للقضاء للفصل فيه، وتعديل الحد الأدني لمساحة دور العبادة إلي (200) متر مربع بدلا من (1000) متر لصعوبة توافر هذه المساحة في القري والنجوع، وعدم اشتراط تحديد وصف المكان الخاص لمزاولة الأنشطة الخدمية الملحقة بدور العبادة لإعطاء فرصة أداء أفضل للدور الخدمي والاجتماعي والثقافي للمجتمع المدني، ومراعاة أن بعض الأسر المصرية تقيم داخل مساكنها مكانًا للعبادة الخاصة، وهذا البند قد يضعهم تحت طائلة القانون. وطالب البيان بوضع لائحة واحدة ثابتة تنظِّم كيفية تلقي طلبات الترخيص المذكورة بالمادة الأولي، وعدم تركها لكل محافظ لعدم إعطاء فرصة لإحداث توتر ديني بالمنطقة، وبإلغاء عقوبة الحبس بنص هذا القانون والاكتفاء بالغرامة علي ألا تزيد علي خمسين ألف جنيه وحد أدني خمسة آلاف جنيه، خاصة أن المتقدمين للترخيص من راغبي صنع الخير، وأغلبهم رجال دين، وبأن تختص مادة بإقرار أن أحكام هذا القانون تسري علي ما يستجد وألا تكون بأثر رجعي. واقترح البيان جواز الترخيص بإلحاق دار مناسبات أو وحدات علاجية وخدمية بدور العبادة المرخص بإقامتها أو المرغوب الترخيص بإقامتها، وفقًا للضوابط والشروط التي تبينها اللائحة التنفيذية المرفقة بالقانون. اغضب الجميع واشار القس صفوت البياضي رئيس الطائفة الانجيلية، ان القانون اغضب الجميع مسلمين ومسيحيين ولم يرض عنه احد، لانه كان في السابق المسيحيين يعانون من وجود معوقات لبناء كنيسة، اما الان المعوقات اصابت الطرفين مسلمين ومسيحيين، فالقانون ساوي بين مساحة المدينة والقرية والنجع في تحديد مساحة المبني 1000 متر وبالتالي اصبح القانون اكثر تعسرا وليس تسهيلا، وحول موقف الكنيسة الانجيلية قال البياضي إنه تم ارسال هذه الملاحظات للمجلس العسكري الذي وضع الناس امام اختبار لمعرفة ارائهم حول القانون وصولا لحلول مرضية لكل المواطنين. مشروع غامض علي الجانب الاخر انتقدت منظمة الاتحاد المصري لحقوق الانسان، مشروع قانون دور العبادة الموحد ووصفته بالغامض، لأنه يمنع اقامة دور العبادة علي اي مكان سكني يكون قد تمت ازالته. وقالت المنظمة في بيان لها هناك مناطق مكتظة بالسكان ولا توجد بها مساحات خالية، ولا يجوز التقدم بطلب كنيسة عليها، حال خلو اي مساحات، وفي هذا تضييق علي عملية بناء دور العبادة" ولفتت المنظمة الي ان مشروع القانون حدد دور العبادة بالنسبة للمسيحيين بعبارة "بناء كنيسة" دون أن يحدد المقصود منها، هل كنيسة أرثوذكسية أم إنجيلية أم كاثوليكية وما هي الطائفة التي تتبعها هذه الكنيسة، علما بانه في مصر يوجد سبع عشرة طائفة مسيحية معتمدة، ويضيف البيان لقد "عقد" القانون الأمور وفرق بين الحصول علي ترخيص لبناء كنيسة والحصول علي ترخيص لاقامة الشعائر الدينية، وفرق بين الحالتين، ورتب عقوبة تصل الي 3 سنوات في حالة عدم الحصول علي ترخيص بالشعائر الدينية، ومعني ذلك، أن يظل البناء مغلقا لسنوات دون الحصول علي ترخيص بإقامة الشعائر" لأعطاء ترخيص بإقامة الشعائر؟ ايضا اي الجهات المختصة. تحفظات القانون قد ساوي بين المواطنين مسلمين ومسيحيين دون تمييز إلا ان هناك بعض التحفظات علي بعض المواد، هذا ما اشار اليه رمسيس النجار محامي الكنيسة الارثوذكسية، مثل المادة الثالثة علي التزام المحافظين بإصدار القرارات الإدارية المنظمة لكيفية تلقي طلبات الترخيص ببناء دور العبادة أو تدعيمها أو ترميمها أو توسيعها أو إحلالها وتجديدها، والإجراءات اللازمة لفحصها، ففي حالة رفض المحافظ تحال الاوراق الي رئيس الجمهورية لتكون ورقة في يد رئيس الجمهورية يغازل بها الامة وهذا امر مرفوض تماما. وحول المادة الثانية من القانون والتي تحتوي علي بعض البنود الخاصة بتناسب عدد دور العبادة مع عدد أصحاب الديانة بالمنطقة تساءل كمال زاخر منسق التيار العلماني في مصر، عن الجهة المنوط لها اعطاء بيانات عن العدد هل وزارة الداخلية، جهاز الحي بالمنطقة ام الجهاز المركزي للتعبئة والاحصاء..؟ مضيفا ان البند السادس من المادة الثانية الخاص بألا تقل مساحة بناء دور العبادة عن 1000 متر اذا كان هناك مساحة 900 متر ما الموقف في هذه الحالة، فهناك قري فقيرة تحتاج لدور عبادة بمساحة صغيرة، بالاضافة الي وجود قري تبعد عن اخري باقل من 1000 متر فهل ستحرم من دور عبادة؟ واذا كان 1000 متر فكيف يتم حسابها دائريا ام طوليا هل مثل قانون الصيدليات مثلا، وقد طالب زاخر بضرورة مراجعة هذا البند الخاص بالمساحة، وحول الاجراءات التي يجب ان تسير وفقا لهذا القانون قال زاخر اننا بصدد صدور مرسوم قانون من المجلس العسكري لاقراره لكن قبل ذلك مفترض عمل مناقشات بين المسلمين والمسيحيين والمعنيين بالقانون للخروج بنتائج لصالح كل الاطراف.
