انتقادات كثيرة توجه لرسائل الماجستير والدكتوراة التي تناقش وتجازي داخل جامعة الأزهر..يأتي علي رأس هذه الانتقادات ان الرسائل معادة ومكررة ومنقولة إما من رسائل سابقة أو من مجلدات قديمة أو مأخوذة من شبكة الانترنت دون اي جهد يذكر للباحث سوي قيامه بعمل قص ولصق لرسالته وتقديمها للحصول علي الدرجة العلمية سواء الماجستير أو الدكتوراة وليس هذا فحسب فأغلب الرسائل خاصة التي تناقش في الكليات الشرعية منفصلة تماما عن الواقع فتجدها إما تحقيقاً في مخطوطة كذا او عقد مقارنة بين كتاب فلان وآخر والغريب في الأمر أنه يتم قبول الرسالة ومنح الباحث أعلي درجة علمية§ وان ظهرت بعض الاصوات§ وهي قليلة §تطالب برفض البحث لأنه لم يقدم شيئا جديدا لا يلتفت لهذه الأصوات بل إنه يتم محاربتها وتقديم الشكاوي الكيدية ضدها. ومن امثلة الرسائل التي لا علاقة لها بالواقع بجامعة الازهر ¢تحقيق كتاب الاجارة من كتاب الذخيرة للقرافي" ¢وكذلك رسالة ماجستير بعنوان ¢تحقيق سبعة أبواب من البيوع المختلف فيها من كتاب الحاوي الكبير الماوردي¢ وأخري بعنوان ¢ تحقيق كتاب الاجارات من الحاوي للماوردي مقارنا بين المذاهب الأربعة ¢ورابعة بعنوان ¢تحقيق جزء من الابتهاج في شرح المنهاج¢وكذلك¢ الينبوع في اختصار أهم جزء من مقدمة المجموعة ¢أما عن الموضوعات التي قتلت بحثا والتي لا تستحق أن تفرد لها رسائل ماجستير ودكتوراة ويضيع الباحث اربع أو خمس سنوات من عمره دون تقديم اي جديد للبحث العلمي أو للمجتمع فحدث ولا حرج أمثلة ¢عقد نقل المسافرين بحرا وامتعتهم في الشريعة الإسلامية والتقنين البحري ¢ وكذلك ¢عقوبة السارق بين القطع وضمان المسروق¢وثالثة بعنوان ¢زكاة الزروع والثمار ¢ ورابعة تتحدث عن عقوبة السرقة في الشريعة الاسلامية وغير هذا من مئات الرسائل العقيمة والمتحجرة والمكررة والتي لا تساهم بأي من الأحوال في تقديم حلول لمشكلات الأمة المتفاقمة بدايه قال الدكتور المحمدي عبد الرحمن الوكيل السابق لكلية الدراسات الإسلامية والعربية بجامعة الازهر: للأسف الشديد الرسائل العلمية بجامعة الأزهر خاصة في الكليات الشرعية بها لم تأتي بجديد فاغلبها إما منقول من علي شبكة الإنترنت أو من رسائل قديمة فهناك باحثون ينقلون الرسالة بالكامل دون أي مجهود منهم ودون أي إضافة يضيفونها علي الرسالة وقد عانيت من هذا كثيرا حينما كنت رئيسا لقسم أصول الدين بالكلية واعترضت علي كم هائل من الرسائل العلمية لأنها عبارة عن قص ولصق من رسائل أخري أو لأنها رديئة ولا ترقي لكونها رسالة علمية ولا يستحق مقدمها أن يحصل علي أي درجة علمية بل ان صح الامر فلابد أن يحاسب ويحاكم لعدم امانته العلمية ولا يكون له مكان بالجامعة لضعف مستواه العلمي لكنني كنت الاقي هجوما شديدا من كل من حولي وكانت تكتب ضدي الشكاوي الكيدية لوقوفي ضد هذه الرسائل المتدنية ليس من الباحثين فقط إنما من بعض الأساتذة الذين يحتاجون إلي التطوير في الفكر والتنوع ليفيدوا الباحثين. أمراض البحث وأضاف الدكتور المحمدي: إن آفة الرسائل العلمية بجامعة الأزهر انها مكررة وضعيفة ومنعزلة تماما عن الواقع فالهدف من الرسائل ان تقدم حلولا للواقع الذي نعيشه بشكل مبسط وتساهم في حل مشكلات الأمة لكن هذا لا يحدث. قص ولصق وأشار إلي ضعف مستوي الباحثين فهم ينقلون من الانترنت أو من الكتب دون فهم ما ينقلونه والدليل علي ذلك أنك عندما تناقش احدا منهم يقف صامتا عاجزا عن الاجابة عليك فيما كتبه وهذا ليس ذنب الباحث وحده انما يتحمل المسؤلية معه استاذه الذي أشرف علي الرسالة ولم يوجهه التوجيهات الصحيحة ولم يعترض علي ما نقله الباحث دون وضع أي إضافة منه لذا نحن في حاجة إلي تطوير مستوي الأساتذة أولا واعدادهم جيدا قبل ان نلقي إليهم مسؤلية الإشراف علي الرسائل البحثية لأننا نري مهازل في البحث العلمي واخطاء ما أنزل الله بها من سلطان وتسال دكتور المحمدي: ماذا ننتظر من باحث أستاذه ضعيف ولا يعرف توجيهه ولا يريد ان يبذل أي جهد ؟ ولفت الي أنه حينما كان رئيسا لقسم أصول الدين قام بإلغاء التحقيق في المخطوطات في رسائل الدكتور اة بعدما وجد كل الباحثين ينقلون من بعضهم البعض وقد عاني كثيراً لتنفيذ هذه الخطوة لكنه نجح بصعوبة بالغة. وأكد أنه رغم رداءة وضعف الكثير من الرسائل العلمية فإنها لا ترفض داخل جامعة الأزهر والاعجب من ذلك أن الباحثين يريدون الحصول علي أعلي درجة علمية مع التوصية بطبع الرسالة ويشعرون بحزن شديد إذا ما حصلوا علي اقل من ذلك بل انهم يعادون لجنة المناقشة اذا ما منحتهم مرتبة الشرف الثانية رغم ان الرسالة اذا أردنا الإنصاف لا تستحق الا الرفض ورغم ذلك يتم ايجازها وتضاف إلي مئات الرسائل التي لا تضيف جديدا وتزخر بها المكتبات. واستطرد: إذا دخلت قسم الحديث بكلية الدراسات الاسلامية والعربية ستجد رسائل لا حصر لها في تحقيق مصنف ابن أبي شيبة علما بأنه محقق ومطبوع بالمملكة العربية السعودية وقد عكفت شهورا اكافح من أجل منع التسجيل في هذا المخطط وقد نجحت بفضل الله واصراري علي تنفيذ هذا. وشدد علي أن الإسلوب المتخلف الذي تتبعه الكليات الشرعية بجامعة الأزهر في البحث العلمي يعد مهزلة ولا يمكن أن يخرج باحثا حقيقيا فالموضوعات مكررة ولا تمت للواقع بصلة لذا فهي تحتاج الي رقابة صارمة اذا اردنا الاصلاح وكي نستطيع مواكبة العصر وحل مشاكلنا التي نعانيها. فكر متحجر ووافقه الرأي الدكتور يسري جعفر أستاذ الفلسفة الاسلامية بجامعة الازهر قائلا: هناك أقسام مميزة في بعض الكليات الشرعية علي سبيل المثال وليس الحصر كلية اللغات والترجمة بها أقسام رائعة وثرية لكنني صدمت عندما تعاملت مع بعض باحثيها واساتذتها فعلي الرغم من أنهم يعدون من جيل الشباب فإن عقلياتهم تقليدية وغير متطورة. وأضاف دكتور يسري:لابد أن تاخذ الرسالة المنحي الاكاديمي في البمث كما يجب أن ترتبط بالواقع لكن ارتباطها بالواقع لا يؤخذ في الاعتبار ولا يعد شرط من شروط صحة البحث العلمي واذا قمنا بتصنيف الباحثين سنجد باحثاً يحب الدراسة في الدراسات القديمة وآخر يتخصص في الدراسات المعاصرة وثالثاً يعيش مع الواقع فالتنوع في حد ذاته يعد ميزة كبيرة وشيء مطلوب لكننا نصطدم بعقليات عقيمةمن الباحثين فالعلم لا يؤخذ بالاصوات إنما يؤخذ بطرح الحجة. وأكد علي اننا إذا طبقنا قاعدة جودة التعليم كما ينبغي سيتحقق الهدف من الدراسة الأكاديمية وهي خدمة المجتمع فقيمة الرسالة العلمية ان تقدم حلاً علمياً للمشكلات ثم يبسط هذا الحل ويخدم الناس من ورائه. ولفت إلي انه إذا قمنا بعقد مقارنة بين بحث علمي يجريه مستشرق ونفس البحث يجريه باحث عربي في أي جامعة عربية وليس في جامعة الازهر وحدها سنجد فرقا شاسعا بين البحثين فالباحثون لدينا غير ملمين بقواعد البحث العلمي حتي في مجال تخصصهم. فمن يهتم بالتحقيق والدراسة الاكاديمية تجد لديه قصور شديداً في هذا الجانب ولا يستطيع ان يخرج بحثا علميا قويا مستوفي كافة قواعد البحث كما أنه لا يعد المسح الشامل لموضوع رسالته فعلي سبيل المثال إذا قام باحث بتناول ومناقشة الاصول الدينية والإجتماعية لجماعة داعش بين الاصول والتطبيق الواقعي لابد اولا ان يجمع مصادره من عدة لغات عربية فرنسية وانجليزية والمانية ثم يدعمها بمادة علمية جادة ويناقشها في السيمينار لكن هذا لا يحدث لأن السيمينار لدينا غير حقيقي انما هو حبر علي ورق ويتم التوقيع عليه دون عقده لأن الباحث هذا تبع الدكتور الفلاني أو الأستاذ العلاني. رسالة مسروقة وأشار إلي أنه يتم رفض الرسالة إذا ما تبين للجنة المناقشة أنها مسروقة بالكامل أو ان يكون الباحث قد انحرف بها انحرافا شديدا عن المنهج العلمي او المسار العلمي المحدد. ولفت الي المهازل التي تحدث في أقسام الدراسات العليا بجامعة الازهركالحديث عن تقاضي بعض الأساتذة مبالغ مالية طائلة من بعض الباحثين العرب من اجل منحهم الدرجة العلمية وأوضح ان هؤلاء الاساتذة معروفين للجميع بالاسم لكن لا تستطيع الجامعة محاسبتهم لأنها لا تمتلك دليلاً مادياً يدينهم وفي نهاية الامر هذا يسهم بشكل كبير في انهيار البحث العلمي بجامعة الأزهر.
