ظل المصريون ساهرين حتي ساعات الفجر الأولي لمتابعة نتائج فرز أكثر من 13 ألف لجنة فرعية والحرب بين الفضائيات مع توالي إعلان النتائج، وأعلنت كل من غرفتي عمليات مرشحي الرئاسة الفريق أحمد شفيق والدكتور محمد مرسي النتائج أولا بأول، ومع بشائر الفجر انطلقت المسيرات والاحتفالات في الميادين خاصة في ميدان التحرير من أنصار ومؤيدي المرشح محمد مرسي، لكن النتائج النهائية لهذه الجولة الحاسمة ستعلنها اللجنة الرئاسية العليا بعد فحص الطعون وإعلان الرئيس القادم لمصر رسميا. علي الفور بعد انتهاء فرز الأصوات في أنحاء الجمهورية، بدأت أعمال فرز اللجان وبدأت النتائج تتوالي من خلال مراقبي اللجان والمراسلين الصحفيين والتي أظهرت - حتي مثول المجلة للطبع - فوز الدكتور محمد مرسي برئاسة الجمهورية علي الفريق أحمد شفيق بنسبة 52٪. حزب الحرية والعدالة من جانبه وكما فعل في الجولة الأولي أرسل مندوبين له في كل مقرات اللجان الانتخابية لمتابعة النتائج لحظة بلحظة واستلام الكشوف الرسمية من القضاة وإرسالها علي الفور لمقر حملة مرسي في الميرغني، لتستلمها غرفة عمليات تحسب النتائج عبر الإسكانر والكمبيوتر وعن طريق فريق من المحاسبين يضم 60 فردا وهو ما جعلهم يعلنون النتيجة قبل أي جهة أخري، وأيضاً أدي هذا لإثارة جدل كبير وتوجيه اتهامات من حملة شفيق بأن مرسي يستبق النتيجة. وردت الحملة علي هذه الاتهامات بأن قانون الانتخابات الجديد أتاح لمندوبي المرشحين متابعة النتائج من اللجان الفرعية وأن الحملة تملك كشوفاً موقعة من القضاة وبالتالي فالنتائج التي تملكها هي مؤكدة وصحيحة. وعلي الفور قام الدكتور محمد مرسي بعقد مؤتمر صحفي في مقر حملته ليؤكد أنباء فوزه ويقول إن مصر مقبلة علي مرحلة تاريخية وأنها ستكون دولة ديمقراطية مدنية حديثة وأن مشوار النهضة قد بدأ يخطو خطواته الأولي ودوت في المؤتمر هتافات "يسقط يسقط حكم العسكر" علي خلفية الإعلان الدستوري المكمل الذي اعتبرته بعض القوي السياسية تقليصاً من دور رئيس الجمهورية وتضخيماً مبالغاً فيه في سلطات العسكري. وانتقل بعد ذلك مرسي وأفراد حملته إلي ميدان التحرير للاحتفال بالفوز مع أنصاره في الميدان الذي شهد ميلاد ثورة 25 يناير وكانت دماء الشهداء الزكية سبباً مباشراً في أن يختار الشعب المصري رئيسه لأول مرة في التاريخ. حملة شفيق من ناحيتها بدأت ليلة الفرز بهدوء رغم تناقل أنباء تقدم مرسي في محافظات الصعيد، معتبرة أن هذه النتائج تعبر عن كتل تصويتية صغيرة وأن الفريق سيفوز في المحافظات ذات الكثافة السكانية العالية، ومع بدء ظهور النتائج الأولية لمحافظات القاهرة والمنوفية والشرقية، ذكرت غرفة عمليات شفيق أن مرشحها في طريقه للفوز وكانوا يقومون بنقل الأرقام أولاً بأول، لكن حماسهم سرعان ما بدأ في التراجع مع ظهور مؤشرات لتقدم مرسي في الإسكندرية والجيزة واقترابه من المنافس في القاهرة. ودخلت الحملة مرحلة صمت كاملا مع الاقتراب من فجر الإثنين والذي بدأت فيه مؤشرات شفيق في التراجع. ومع الصباح، عادت حملة شفيق للظهور مرة أخري لترفض تماماً الاعتراف بهزيمتها حيث أكد أحمد سرحان المتحدث باسم الحملة أكثر من مرة أن شفيق متقدم بفارق 1٪ عن مرسي وأن حزب الحرية والعدالة أعلن نتائج مخالفة لتأليب الرأي العام وإحداث فتنة بعد إعلان فوز شفيق. كما تقدمت الحملة بالفعل ببلاغات للجنة العليا لانتخابات الرئاسة طعنًا علي ما اعتبرته تجاوزات مرشح الإخوان المسلمين أمام المقرات الانتخابية في عدد كبير من محافظات الجمهورية. المستشار حاتم بجاتو أعلن من ناحيته أنه سينظر الطعون التي قدمت للجنة وأنهم درسوا بالفعل الطعون المتعلقة بأصوات الخارج حيث لم يكن هناك أي مشكلات سوي في سفارتي مصر في بريتوريا والرياض، حيث إن مندوب الفريق أحمد شفيق تقدم بطعن علي حوالي 3000 صوت في الرياض، تم إرسالها للسفارة من نفس شركة البريد وبنفس الخط وبنفس رقم الهاتف، وفي بريتوريا حوالي 264 مظروفًا وصلت من مكتب بريد مجاور للسفارة وعنوان المرسل في كيب تاون علي بعد 1400 كم من السفارة. وبالفعل استبعدت اللجنة العامة المشرفة علي تصويت المصريين في الخارج 254 مظروفًا من بين 264 مظروفًا من أصوات المصريين في جنوب أفريقيا واستثناء 10 مظاريف، لشبهة التصويت الجماعي. وبعد إعلان الحرية والعدالة فوز مرسي برئاسة الجمهورية انهالت التعليقات علي الفيس بوك من الثوار لتهنئة مرسي بفوزه علي المرشح الذي كان يمثل بالنسبة لهم رمزاً من رموز النظام السابق، واعتبرت حركة 6 إبريل فوز مرسي انتصاراً كبيراً للثورة وهنأ الدكتور علاء الأسواني الإخوان المسلمين بفوزهم رغم أنه أكد أنه يختلف معهم فكرياً وأعلن وائل غنيم أنه سعيد بفوز مرسي لكنه سيكون في صفوف المعارضة وهو نفس ما قاله الكاتب بلال فضل حيث أكد أن مرحلة تأييد مرسي تنتهي بإعلان النتيجة النهائية للانتخابات. وطالب نادر بكار المتحدث الرسمي باسم حزب النور أنصار مرسي بالتواضع مع من لم ينتخبه.