كشفت دراسة حديثة عن أن ضعف الإرادة السياسية في مصر في العهد السابق لمكافحة الفساد وسرية تقارير الجهاز المركزي للمحاسبات سبب شيوع الفساد واستفحاله بالإضافة إلى موالاة الأجهزة الرقابية للسلطة السياسية وعلى رأسها أخطر جهاز في مصر وهو الجهاز المركزي للمحاسبات. وقالت الدراسة التي أعدها الدكتور محمد علي سعد العضو المراقب بالجهاز المركزي للمحاسبات "تعانى الأجهزة الرقابية العاملة فى مصر من موالاتها للسلطة سياسيًا وعلى رأسها الجهاز المركزى للمحاسبات، الأمر الذى نال كثيرًا من فعاليته فى حماية الأموال العامة ومكافحة الفساد". وأضافت الدراسة أن "تعدد الأجهزة الرقابية وتداخل اختصاصاتها وغياب آلية التنسيق فيما بينها أثر سلبًا على دورها فى مكافحة الفساد وهو ما يمثل إهدارًا للوقت والمال العام" . وأشار إلى واحدة من العوامل المهمة التي أثرت على أداء الجهاز وهى سلب استقلاليته، حيث توالت تبعيته الوظيفية ما بين السلطتين التشريعية والتنفيذية منذ نشأته، الأمر الذى وقف حائلاً أمام قيام الجهاز بدوره فى حماية المال العام ومكافحة الفساد. وذكرت الدراسة التي أعدها أحد مؤسسي حركة رقابيون ضد الفساد المشكلة من قبل الأعضاء بالجهاز عقب نجاح ثورة 25 يناير "أن السلطة التنفيذية وسيطرتها على الجهاز كان لها أثر سلبي" موضحة أن "خضوع الاعتمادات المالية للجهاز من حيث تقديرها وإصدارها وتعديلها للسلطة التنفيذية ممثلة فى وزارة المالية نال كثيرًا من الاستقلال المالى للجهاز". وأوضحت الدراسة بضرورة وجود إطار دستورى واضح وصريح يرسى أسس استقلال الجهاز المركزى للمحاسبات ويعززه ويحول دون تغول أى من سلطات الدولة الثلاث "التشريعية-القضائية-التنفيذية" عليه، وألا تكون رقابته تابعة لأى سلطة منها تحقيقًا للاستقلال الوظيفى للجهاز. كما أوصت بضرورة تحقيق الاستقلال المالى للجهاز المركزى للمحاسبات من خلال عدم تدخل السلطة التنفيذية فى أى مستوى من مستوياتها فى الاعتمادات المالية للجهاز سواء عند تقدير تلك الاعتمادات أو إصدارها أو تعديلها، وان يكون كل ما يتعلق بتلك الاعتمادات من خلال لجنة مختصة بذلك بمجلس الشعب.