كشفت دراسة حديثة عن أن ضعف الإرادة السياسية في مصر في العهد السابق لمكافحة الفساد وسرية تقارير الجهاز المركزي للمحاسبات كانت سببًا وراء شيوع الفساد واستفحاله بالإضافة إلى موالاة الأجهزة الرقابية للسلطة السياسية وعلى رأسها أخطر جهاز في مصر وهو الجهاز المركزي للمحاسبات. وقالت الدراسة التي أعدها الدكتور محمد علي سعد العضو المراقب بالجهاز المركزي للمحاسبات إن الأجهزة الرقابية بمصر تعانى من موالاتها للسلطة سياسيا وعلى رأسها الجهازالمركزى للمحاسبات, الأمر الذى نال كثيرًا من فعاليته فى حمايةالأموال العامة ومكافحة الفساد. وأضافت الدراسة أن "تعدد الأجهزة الرقابية وتداخل اختصاصاتها وغياب آلية التنسيق فيما بينها أثرسلبا على دورها فى مكافحة الفساد وهو مايمثل إهدارا للوقت والمال العام". وأشار إلى واحدة من العوامل المهمة التي أثرت على أداء الجهاز وهي "سلب استقلاليته, حيث توالت تبعيتها لوظيفية مابين السلطتين التشريعية والتنفيذية منذ نشأته, الأمر الذى وقف حائلا أمام قيام الجهاز بدوره فى حماية المال العام ومكافحة الفساد". وذكرت الدراسة التي أعدها أحد مؤسسي حركة رقابيون ضد الفساد المشكلة من قبل الأعضاء بالجهاز عقب نجاح ثورة 25 يناير "أن السلطة التنفيذية وسيطرتها على الجهاز كان لها أثر سلبي "موضحة أن "خضوع الاعتمادات المالية للجهاز من حيث تقديرها وإصدارها وتعديلها للسلطةالتنفيذية ممثلة فى وزارة المالية, مما نال كثيرا من الاستقلال المالى للجهاز" . وأوصت الدراسة بضرورة وجود إطار دستورى واضح وصريح يرسى أسس استقلال الجهاز المركزى للمحاسبات ويحول دون تغول أى من سلطات الدولة الثلاث (التشريعية-القضائية-التنفيذية) عليه, وألا تكون رقابته تابعة لأى سلطة منها تحقيق اللاستقلال الوظيفى للجهاز. كما أوصت بضرورة تحقيق الاستقلال المالى للجهاز المركزى للمحاسبات من خلال عدم تدخل السلطة التنفيذية فى أى مستوى من مستوياتها فى الاعتمادات المالية للجهاز سواءعند تقدير تلك الاعتمادات أو إصدارها أو تعديلها, وان يكون كل ما يتعلق بتلك الاعتمادات من خلال لجنة مختصة بذلك بمجلس الشعب.