قرَّر المجلس الأعلى للأزهر، في جلسته الطارئة، الأحد 18 نوفمبر، برئاسة فضيلة الإمام الأكبر د.أحمد الطيب، شيخ الأزهر ، تشكيل لجنة لصرف تعويضات ضحايا ومصابي حادث أتوبيس المعهد الأزهري بأسيوط. وقرر المجلس صرفَ مبلغ 10000 جنيه لأسرة المدرِّسة والعاملة بالمعهد أسوة بالطلاب المتوفين وفقًا للضوابط ومحاضر النيابة. كما قرَّر المجلس تكليف قطاع المعاهد الأزهرية بدراسة مدى احتياج منطقة المندرة وما جاورها من القرى لإنشاء معهد أزهري نموذجي بها. وقال الشيخ عبد التواب قطب، وكيل الأزهر: إنَّ المجلس الأعلى للأزهر يتقدَّم بخالص العزاء لأسر ضحايا الحادث المروِّع، مُؤكِّدًا أنَّ فضيلة الإمام الأكبر قرَّر فور علمه بالحادث إرسال وفدٍ من الأزهر للوقوف على ملابسات الحادث، واصفًا الحادث بأنَّ مشهده مؤلم يُدمي القلوب، وخطب عظيم آلَمَ مصرَ كلَّها، وأصاب جميع المصريين بالحزن. وشدَّد على أنَّ فضيلة الإمام الأكبر لا يرفض طلبًا لأيِّ قرية أو مُتبرِّع لإنشاء معهد أزهري، ويتجاوز عن الشروط الخاصَّة بالمسافات، والتي تُقدَّر ب2 كيلو متر في جميع الأوقات، طالما أنَّه يخدم الأزهر، مؤكدًا أنَّ في المرحلة القادمة سيتم إنهاء جميع المشاكل العالقة الخاصة بالمرحلة الابتدائية.