زعمت مصادر أمريكية، بعد مرور 3 أيام على أحداث 11 سبتمبر، أن مكتب التحقيقات الفيدرالي تعرف على فريق يضم 50 شخصا ساعدوا في التخطيط والتنفيذ للهجمات. وأشارت المصادر إلى أن معظم هؤلاء الأشخاص منتمين إلى عدة دول عربية وعلى علاقة وثيقة بتنظيم القاعدة، وفى اليوم التالي أعلنت وزارة العدل الأمريكية أسماء 19 شخصا يشتبه بأنهم خطفوا الأربع طائرات. وأفادت وزارة العدل أن قائد الطائرة الأولى "رحلة 11" التي اصطدمت بالبرج الشمالي من مركز التجارة العالمي هو محمد عطا نفسه ومعاونوه هم عبد العزيز العمري والشقيقان وائل الشهري ووليد الشهري وسطام السقامي. أما الطائرة الثانية "رحلة 175" وهي الطائرة التي ضربت البرج الجنوبي من مركز التجارة العالمي أمام عدسات التلفاز في بث حي من موقع الأحداث، فكان على متنها الربان مروان الشحي وفايز القاضي "إماراتيان" ومهند الشهري وأحمد الغامدي وحمزة الغامدي.
وقاد الطائرة الثالثة "رحلة 77" وهي التي ضربت جناح البنتاجون، السعودي هاني محجور ومعه الشقيقان نواف الحازمي وسالم الحازمي وخالد المحضار وماجد الحربي.
الطائرة الرابعة "رحلة 93" وسقطت هذه الطائرة في حقول زراعية في ولاية بنسلفانيا وربانها هو اللبناني زياد جراح، وكان هدف الخاطفين إسقاطها على مبنى الكونغرس الأمريكي في واشنطن لكن مقاومة الركاب حالت دون بلوغ هدفهم واجبر الخاطفون على إسقاطها. وأعدت المباحث الفيدرالية قوائم طويلة بالمطلوبين في الحادث وشملت القوائم عددا من الإرهابيين من اصل مصري في مقدمتهم قائد تنظيم الجهاد ايمن الظواهري ومحمد الاسلامبولي ورفاعي طه من قيادات الجماعة الإسلامية إضافة إلى عدد من الإرهابيين من اصل سعودي.