أعربت الجماعة الإسلامية وحزبها عن إدانتهما التسريبات التي تخرج من لجنة الخمسين المتعلقة بمحاكمة المدنيين أمام المحاكم العسكرية، وتحديد نسبة معينة لتمثيل الأقباط والنساء فيما يعرف بنظام الكوتة. وأوضحت الجماعة وحزبها في بيان الثلاثاء 26 نوفمبر إلي أن ما تم تسريبه يمثل بداية لتفتيت الدولة وتقسيمها وإهدارا لإجراءات العدالة وضماناتها وانتهاكا لحقوق المواطنين وحرياتهم والإمعان في قمعهم والاعتداء على كرامتهم. واعتبرت الجماعة والحزب أن مادة المحاكمات العسكرية فى الدستور المقترح كفيلة وحدها بإحالة عشرات الآلاف من المصريين لمحاكم عسكرية استثنائية جائرة تصدر أحكاما بالسجن بل الإعدام بأوامر عسكرية ممنهجة . وأشارت إلى أنه على الرغم من إن القاعدة المنصوص عليها في المادة " عدم جواز محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري" فإنها تفتح في ذات الوقت الباب واسعا في صياغة غامضة فضفاضة إمام استثناءات لو طبقت لقضت على أصل القاعدة. وأشارت الجماعة إلى أنه من حيث المكان تنص المادة على استثناء "الجرائم التي تمثل اعتداء مباشرا على منشآت القوات العسكرية أو معسكراتها " ثم تفتح الباب على مصراعيه لتعميم العديد من الأماكن "أو ما في حكمها" حيث يمكن بناء على هذا الاستدراك إن يتم التوسع بشكل مبالغ فيه وإدخال أماكن عديدة تدخل في لفظة ما في حكمها، م تستكمل المادة وتستثنى "المناطق العسكرية" ، ثم تستطرد في توسعها "أو المناطق الحدودية المقررة ، "لتدخل فيها جميع المحافظات الحدودية ، ثم يأتي التوسع في الأدوات العسكرية فتفصل "أو معداتها أو مركباتها او أسلحتها أو ذخائرها"، ثم يأتي التوسع الآخر في "الوثائق او الأسرار العسكرية" دون توضيح لماهية تلك الأسرار أو الوثائق العسكرية. وأشارت إلى أن المادة تختم على استثناءات لو طبقت لسيق آلاف المدنيين إلى المحاكم العسكرية حيث تنص على "أو الجرائم التي تمثل اعتداء مباشرا على ضباطها او أفرادها بسبب تأدية أعمال وظيفتهم" ، وعليه فإن أي مواطن مدني يدخل فى نزاع أو مشكلة مع أى عسكري فى أي شارع أو ميدان ، فى أى مظاهرة أو مسيرة ، فى أى مدرسة أو جامعة فسوف يحال للقضاء العسكري، وفقا للبيان. وفي ما يتعلق بنظام الكوتة المخصصة للأقباط والمرأة فى الدستور المقترح رأت الجماعة وحزبها أنه فضلا عن عدم اتساقه وتعارضه مع القواعد والمبادئ الدستورية المستقرة كمبادئ المساواة والعدالة وتكافؤ الفرص وقيامه على التمييز غير الإيجابي فإنه يهدد كيان المجتمع وأمنه واستقراره ، وتعتبر الخطوة الأولى نحو تقسيمه وتفتيته حيث تفتح الباب للانقسام والصراع السياسى وتؤصل لبناء المؤسسات التشريعية والتنفيذية على التقسيم الديني ويشعل حالة الاحتقان الطائفي مما يؤدى إلى ضياع فكرة الدولة الموحدة ، بحسب البيان . وأشارت الجماعة إلى أن التمثيل العادل للأقباط في مؤسسات الدولة وهيئاتها أمر يجب مراعاته واعتباره ولكن يبقى البحث في الوسيلة المناسبة والملائمة لتحقيق ذلك وليس بوسائل تعقد الأزمة وتؤدى إلى مزيد من الصراع والانقسام والفوضى التي تؤثر على سلامة المجتمع وكيانه .