قالت رئاسة الجمهورية إن قرار إعفاء المستشار د.خالد علم الدين من منصبه كمستشارٍ لرئيس الجمهورية لشؤون البيئة، يتعلق بشخصه،ولا علاقة له من قريب أو بعيد بانتمائه الحزبي . وأوضحت الرئاسة أن قرار الإعفاء تم يوم الأحد 17فبراير 2013 م . وأكدت الرئاسة في بيان صحفي، أصدرته الثلاثاء 19 فبراير، أنها تذكر أن جميع السادة المستشارين يحتفظون بحقهم في الاستقالة من منصبهم وفقاً لتقديرهم الشخصي للمصلحة الوطنية، و قد حدث ذلك بالفعل من قبل بعض السادة المستشارين السابقين و كان موضع احترام الرئاسة في كل مرة. وتابع البيان "في المقابل فإن إعفاء أيٍ من السادة المستشارين كذلك هو قرار تتخذه مؤسسة الرئاسة بحسب تقديرها للمصلحة الوطنية وليس مرتبطا بشكل مباشر بأي تحقيقات أو اتهامات تنأى مؤسسة الرئاسة عن الخوض فيها ونأمل أن يكون تقدير الرئاسة موضع احترام وطني كذلك". وأشارت رئاسة الجمهورية إلى أن قرار إعفاء السيد المستشار د.خالد علم الدين جاء بناءً على ما توافر لديها من معلومات، رأت معها استحالة استمراره في أداء دوره حفاظاً على المكانة التي تتمتع بها مؤسسة الرئاسة. واختتمت الرئاسة البيان ب "تؤكد احترامها وتقديرها لكافة الأحزاب وما تقوم به من أدوار في إثراء الحياة السياسية المصرية وفي القلب منها حزب النور الذي يمثل فصيلاً وطنياً له حضوره السياسي الفعال" .