أكدت رئاسة الجمهورية أن إعفاء الدكتور خالد علم الدين من منصبه، كمستشار للرئيس، تم يوم الأحد الموافق 17فبراير 2013 م، مؤكدة أن جميع المستشارين يحتفظون بحقهم في الاستقالة من منصبهم، وفقاً لتقديرهم الشخصي للمصلحة الوطنية، وأنه حدث ذلك بالفعل من قبل بعض السادة المستشارين السابقين و كان موضع احترام الرئاسة في كل مرة . وأضافت الرئاسة في بيان صادر عنها اليوم الثلاثاء، أن إعفاء أيٍ من المستشارين كذلك هو قرار تتخذه مؤسسة الرئاسة بحسب تقديرها للمصلحة الوطنية وليس مرتبطا بشكل مباشر بأي تحقيقات أو اتهامات تنأى مؤسسة الرئاسة عن الخوض فيها، وتأمل أن يكون تقدير الرئاسة موضع احترام وطني كذلك . وأشارت رئاسة الجمهورية أن قرار إعفاء علم الدين جاء بناءً على ما توافر لديها من معلومات، رأت معها استحالة استمراره في أداء دوره حفاظاً على المكانة التي تتمتع بها مؤسسة الرئاسة، كما تؤكد أن قرار الإعفاء يتعلق بشخصه، ولا علاقة له من قريب أو بعيد بانتمائه الحزبي . واختتمت الرئاسة بيانها مؤكدة احترامها وتقديرها لكافة الأحزاب وما تقوم به من أدوار في إثراء الحياة السياسية المصرية، ومنها حزب النور الذي يمثل فصيلاً وطنياً له حضوره السياسي الفعال.