تباينت آراء فقهاء القانون الدستوري ورجال القانون حول أحقية الرئيس في إصدار عفو شامل عن المعتقلين بأحكام عسكرية عقب أحداث ثورة25 يناير, ففي الوقت الذي أكد البعض أن أقصي ما يملكه الرئيس هو إصدار قرار عفو شامل باعتباره قائد أعلي للقوات المسلحة. أكد الفقيه الدستوري عاطف البنا أن من سلطات الرئيس في جميع الدساتير, وحتي الإعلان الدستوري, العفو والعفو الكامل, سواء كان قضاء جنائي وعسكري, باعتباره رئيس المجلس الأعلي للقوات المسلحة, مشيرا إلي أن من حق اللجنة المشكلة من أعضاء النيابة العامة ونيابة أمن الدولة والقضاء العسكري والداخلية, وممثلين عن المجتمع المدني, وشباب الثورة, النظر في جميع الحالات, وبيان مدي استحقاق كل حالة للعفو, إلا أن صاحب القرار النهائي هو الرئيس. وقال االبنا: إن من حق المعتقلين الصادرة ضدهم أحكام قضائية التقدم بالتماس إلي اللجنة للنظر في وضعهم, ومن حق اللجنة أيضا إذا رأت أمور تستوجب العفو أن ترفع التماس إلي الرئيس بالإفراج عنه. وشدد البنا علي ضرورة أن توصي اللجنة بإعادة محاكمة جميع المتهمين المدنيين أمام القضاء الطبيعي وليس العسكري, وكذلك الإفراج عن جميع المحتجزين الذين لم تصدر بشأنهم أي أحكام قضائية, خاصة بعد إلغاء قانون الطوارئ. واستبعد البنا أن يشمل قرار العفو الرئاسي كل من شارك في أحداث روعت الأمن, مثل اقتحام السجون, وحرق أقسام الشرطة, والهجوم علي الداخلية ومديرية أمن الجيزة, وحرق المجمع العلمي التي أدين فيها البعض بعد ثبوت التهم عليهم. من جانبه وصف المستشار رفعت السيد رئيس محكمة الاستئناف ورئيس نادي قضاة أسيوط السابق, قرار تشكيل اللجنة بعد موجة من الضغط الشعبي من القوي الثورية وأهالي المعتقلين للإفراج عن ذويهم, بادرة لإطلاق سراح المعتقلين السياسيين من شباب الثورة, خاصة أن معظم القضايا المحال بشأنها شباب الثورة تكاد تكون غير جادة تفتقر للأدلة. وقال السيد: من حق الرئيس أن يحسم هذا الملف بيده, لأنه يستطيع إصدار قرار عفو باعتباره القائد الأعلي للقوات المسلحة, أو علي أقل تقدير إعادة محاكمتهم أمام القضاء الطبيعي مادام أيا منهم غير خاضع لقانون الأحكام العسكرية, أو من أفراد القوات المسلحة. في غضون ذلك أكد محمد الدماطي وكيل أول نقابة المحامين أن من حق رئيس الجمهورية, طبقا للمادة56 من الإعلان الدستوري, أن يصدر قرارا بالعفو عن العقوبة, سواء كانت عقوبات بدنية أو مالية, إلا أن العفو الشامل لابد له من قانون, وهذا ليس من سلطته, لأن سلطة التشريع في يد المجلس العسكري حاليا. وطالب الدماطي اللجنة ببحث جميع حالات المعتقلين, خاصة من تم القبض عليهم في أحداث ماسبيرو, وشارع محمد محمود, ومجلس الوزراء, كل حالة علي حدة, ما يثبت فيها أحكام غير مبررة من حق الرئيس إصدار قرار بالعفو عنها حتي ولو كانت جنائية.